همچنین معتقدیم که در زمان رحلت امام معصوم، باید یک معصوم بالای سر وی باشد که نور امامت را از وی دریافت کند، بنابراین امام جواد(ع) حداقل یکبار و برای انجام اعمالی که در بالا ذکر شد، به ایران آمدند و بر سر بالین پدرشان امام رضا(ع) حاضر شدند.
علاوه بر این سفر در برخی اسناد تاریخی ذکر شده است که امام جواد(ع) در سال 202 هجری قمری و در زمانی که امام رضا(ع) ولیعهد مأمون بودند، برای زیارت پدر به ایران سفر کردند. البته این سفر استناد دقیق تاریخی ندارد چرا که در خصوص چگونگی سفر و همراهان امام جواد(ع) سخنی به میان نیامده است.
سفر امام جواد(ع) به ایران، به شکل طی الارض بوده است و جالب تر اینکه خود امام جواد(ع) آن را نقل کرده اند.
امام جواد(ع) سه بار به بغداد سفر کردند که همه این سفرها، اجباری و به دستور حکومت بود. نخستین سفر به بغداد یک سال پس از شهادت امام رضا(ع) اتفاق افتاد، زمانی که امام جواد(ع) هشت ساله بودند و مأمون ایشان را به بغداد آورد. مأمون در آن زمان مرکز حکومت را از مرو به بغداد منتقل کرده بود.
دومین سفر در سال 215 هجری قمری و در زمانی که امام جواد(ع) 20 ساله بودند، باز هم به دستور مأمون افتاق افتاد. در این دو سفر، امام(ع) مدتی پس از اقامت به مدینه بازگشتند، آخرین سفر امام جواد(ع) در سال 220 (ه.ق) یعنی دو سال پس از مرگ مأمون و در زمان خلافت معتصم عباسی اتفاق افتاد.
متأسفانه شرایط سیاسی در زمان امام جواد(ع) به گونه ای بود که تاریخ زندگی ائمه(ع) به خوبی نقل نمی‌شد، به همین در دلیل تاریخ شهادت امام نهم(ع) میان مورخان اختلاف است. همان گونه که درتاریخ ولادت ایشان هم اختلاف نظر وجود دارد، شش ذی القعده و آخرین روز از همین ماه دو روزی است که امام جواد(ع) در یکی از این دو به شهادت رسیدند.
به دلیل سن و سال کم حضرت(ع) و خفقان سیاسی، احادیث زیادی از ایشان نقل نشده است.
