برخورد سلیقه‌ای و نبود الگوی یکسان برای مرمت مسجد کبود در همه‌ی نقاط آن به چشم می‌خورد و برای درک آن، نیاز به تخصص نبوده و حتی گردشگرانی هم که برای ثبت یک عکس مقابل کاشیکاریها می‌ایستند نیز به راحتی به این موضوع پی می‌برند، گچ‌کاری‌ها و مرمت‌های نیمه تمامی بر تن این مسجد خودنمایی می‌کنند، به نظر می‌رسد در هیچ دوره‌ای، برنامه‌ی مدون و طولانی مدتی از سوی متولیان امر برای مرمت و سر پا نگه داشتن فیروزه جهان اسلام وجود نداشته و گچ کاری‌های سفید و بی‌ارتباط به مسجد کبود حاصل کج سلیقگی‌ها در دوره‌های متعدد از سال ۱۳۱۸ تاکنون است.
مسجد کبود، به زبان ترکی آذربایجانی "گوی مچید"، از ابنیه تاریخی پادشاهان قراقویونلو بوده و مدرسه و مقبره و مجموع عمارات ملحق به آن به نام "ابوالمظفر جهانشاه ابن قرایوسف مظفریه" خوانده می‌شده است؛ حافظ حسین کربلایی تبریزی در کتاب "روضات‌الجنان و جنات‌الجنان" درباره‌ی مسجد کبود می‌نویسد: "در درآمد تبریز بجانب شرق که خیابان گویند عمارتی است در کمال لطافت و نیکویی موسوم به مظفریه از مآثر أبولمظفر جهانشاه پادشاه ابن قرایوسف بن توره مش بن بیرام خواجه‌ی ترکمان و این طبقه را قراقویونلو و بارانی نیز گویند گوییا این عمارت بسعی و اهتمام حرم محترم وی خاتون جان بیگم أنارالله برهانها بنا شده"، این عمارت در سال ۸۷۰ هجری قمری با نظارت و سرکاری عزالدین قاپوچی بن ملک (عزالدین دربان شاه) به انجام رسیده است.
بهروز خامه‌چی، مورخ و نویسنده‌ی تبریزی نوشته است: عمارت و متعلقات مظفریه شامل مسجد و قبه (گنبد) شامخی برای دفن خاتون جان بیگم، فرزندان و شوهرش، خانقاهی است که در باغی پر گل و ریحان قرار گرفته و اتاق‌ها و غرفه‌های تابستانی و زمستانی دارد و آن‌ها را محلی برای ذکر و تسبیح خداوند قرار داده و وقف علما و فقها و زهاد متصوفه کرده است و نیز آن بقعه مشتمل بر قناتی است که متصل به خانقاه مذکور است که آن را با گنبدی که بر دهانه آن ساخته و دو حوضی که زیر آن قبه است، وقف بر جمیع مسلمین کرده است.
می‌نویسند: جهانشاه به همسر خود خاتون جان خاتون معروف به بیگم دختر صاحب اعظم غیاث‌الدین ولمله، امر کرد که بقعه‌ای را مشتمل بر ابواب خیرات و مبرات بنا کند و این بقعه در بیرون شهر تبریز و دروازه جدید در محله پس کوشک در جایی به نام "فخر آزاد" ساخته شد، این عمارت شامل حمام، مدرسه، قنات و خانقاه در زلزله‌ی سال ۱۱۹۳ هجری قمری، ویران شد و ویرانه‌ی این مسجد مدت‌ها در محله خیابان تبریز و شاهراه تبریز-تهران در گذشته، ماند، این مسجد دارای وقفنامه بسیار ارزشمندی است به نام صریح‌الملک که تعداد کثیری از روستاها و باغات و مزارع و حمام‌ها و قنات‌ها و غیره و ... وقف مظفریه شده؛ ساختمان مسجد کبود در ربیع‌الاول سال ۸۷۰ هجری قمری به پایان رسیده و با شماره‌ی ۱۶۹ به ثبت تاریخی رسیده است، مسجد کبود به علت به کار رفتن کاشی‌های معرق کاری شده آبی و کبود و لاجوردی به نام فیروزه اسلام شهرت یافته است.
مسجد جهانشاه یا مجموعه‌ی مظفریه در قلم جهانگردان به این صورت توصیف شده است: جهانشاه در دوران سلطنت خود مسجد کبود تبریز را پی ریخت، این مسجد که قطعا در ۸۷۰ قمری یکی از عالی‌ترین مظاهر هنر معماری و کاشی‌کاری ایران بود، متاسفانه در ادوار بعدی بر اثر جنگ‌ها و زلزله‌های پیاپی به تدریج رو به ویرانی نهاد، چنانکه اکنون جز سر درب شمالی واقع در کوی خیابان قدیم و مشتی کاشی‌های شکسته درونی چیزی از مسجد باقی نمانده است.
مدیر عامل انجمن دوستداران میراث فرهنگی آذربایجان شرقی و استاد دانشکده‌ی معماری دانشگاه هنر اسلامی تبریز با مروری بر زمینه‌های شکل گیری و دخالت‌های مرمتی در مسجد کبود به ایسنا می‌گوید: دونالد ویلبر در مقدمه‌ی کتاب معماری ایران و توران در دوره تیموری می‌نویسد که بدبختانه از تبریز دوره‌ی ترکمانی که با هرات شاهرخ و سمرقند تیمور برابری می‌کرد تنها مسجد کبود باقی مانده است، اما با چرخشی در اطراف این بنا متوجه می‌شویم که چقدر به این بنا اهمیت می‌دهیم، مقابل مسجد کبود در گذشته بخشی از جاده ابریشم بود که تهران، اصفهان، ری، مشهد، سمرقند و هرات از این طریق به قفقاز و استانبول و بغداد متصل می‌شد، اما متاسفانه توسعه‌های شهری باعث شده است اینجا کاملا آشفته به نظر برسد.
دکتر احد نژاد ابراهیمی می‌افزاید: مجموعه‌ی مظفریه پس از مجموعه‌های ارغونیه، غازانیه، رشیدیه، ارگ علیشاه، دمشقیه و اعلائیه ایجاد شده، حافظ حسین کربلایی در کتابش اشاره کرده است که خانه امام جمعه در مقابل مسجد کبود بوده و این مجموعه از قنات، خانقاه، کتابخانه و کاروانسرا تشکیل شده بود که داخل باغ گل ریحان و ریحان قرار داشته و اخیرا قنات این مجموعه توسط اداره کل میراث فرهنگی کاوش شده است، این مجموعه پس از زلزله ۱۱۹۳ هجری قمری به عنوان قبرستان استفاده می‌شده و به همین دلیل هم به "سوموحلی باغ" به معنی باغ استخوان دار معروف شده بود، همان جایی که موزه‌ی آذربایجان داخل آن ساخته شده است؛ خیابان کشی سال ۱۳۱۰ باعث شد تا گذر اصلی جایش را به گذر فعلی که درست در خلاف جهت گذر اصلی است، بدهد، به این معنی که قسمت جلوی مسجد اکنون با توجه به موقعیت گذر، پشت آن محسوب می‌شود.
مدیرعامل انجمن دوستداران میراث فرهنگی آذربایجان شرقی با اشاره به زمان شروع مرمت مسجد کبود، خاطرنشان می‌کند: مرمت این مجموعه از سال ۱۳۱۸ با ساختن دیوارها آغاز شد و پایه‌های گچی در سال ۱۳۵۴ بیرون آورده شد؛ سر درب مسجد کبود به احتمال زیاد و بر اساس مستندات، در موزه‌ی توپ قاپی ترکیه قرار دارد، چرا که گفته می‌شود هنگام حمله‌ی عثمانی‌ها آثاری شامل قرآنی به دست خط حضرت علی (ع)، سر درب مسجد کبود و اشیایی از مجموعه‌ی حسن پادشاه را به همراه خودشان بردند.
استاد دانشکده معماری دانشگاه هنر اسلامی تبریز با اشاره به برخی ایرادهای مرمتی در مسجد کبود، بیان می‌کند: برخی از اقدامات در این مسجد با توجه به رویکرد حفاظتی و رفع خطر و آنی در زمان‌های گذشته به تناسب امکانات موجود و اطلاعاتی که داشتند، انجام شده است، اما مشکل اصلی نبود خط فکری دراز مدت منظم و ایجاد پراکندگی است، شیوه‌های مختلف مداخله‌ای آثار مرمتی در زمان خودشان درست بوده‌اند و در مورد گنبد سلطانیه نیز چنین اقداماتی انجام شده است، اما برنامه و سرخط‌های مشخصی در این زمینه وجود ندارد.
وی با بیان اینکه ترکیب‌های این مسجد، ترکیب‌های اسلیمی و هندسی بسیار ارزشمندی هستند که در معرفی آن‌ها با موفقیت عمل نکرده‌ایم، می‌گوید: این گره‌ها و طرح‌های هنرمندانه نشان از خط فکری است که نشان می‌دهد در این دوره ریاضی‌دان‌های قهاری در تبریز بوده‌اند که روی معماری تاثیر گذاشته‌اند.
او با اشاره به نوشته‌های سه کتیبه موجود در مسجد کبود بیان، می‌کند: نام کسانی که در ساخت این مجموعه تأثیرگذار بودند مانند عزالدین ملک قاپوچی، محمود بنای تبریزی و نعمت‌اله ابن محمد البواب، خطاط و بیت "کردار بیار، گرد گفتار مگرد چون کرده شود کار، گویند که که کرد"، بر روی کتیبه‌ها نوشته شده؛ ساختار معماری مسجد کبود بیشتر درونگرا است، حیاط این مجموعه به دلیل سردسیر بودن منطقه سرپوشیده ساخته شده است.
نژاد ابراهیمی با اشاره به بازسازی گنبد مسجد کبود در سال ۱۳۵۴ با همکاری سازمان حفاظت از آثار باستانی توسط اوستا رضا معماران تبریزی از معماران خوش فکر، اظهار می‌کند: اوستا رضا معماران کار بسیار ارزنده‌ای انجام داد، اما متاسفانه معرفی نشد، او گنبد مسجد دانشگاه صنعتی شریف ساخت و بسیاری از مساجد و حمام‌های تاریخی را بازسازی و مرمت مسجد کبود را با تقویت بخش‌های سالم و انتقال چهار ضلعی به دایره آغاز کرد، این مسجد ساختاری دارد که در دیگر مساجد نمی‌بینیم.
او می‌افزاید: در مسجد کبود معمار سازنده بنا راه پله‌ای را در بخش زنانه مسجد ایجاد کرد که گفته می‌شود به دلیل اینکه بانی این مسجد یک زن بوده است این امکان فراهم شد تا زنان تا نزدیک محراب جایگاه داشته باشند، زنان قبل از آغاز مراسم به آنجا می‌رفته‌اند، او همچنین با برداشتن تیرآهن‌ها گنبد دو پوسته‌ی میان تهی را با آجر اجرا کرد که کار بسیار هنرمندانه‌ای بود، همچنین گفته می‌شود که اوستا رضا کوره گچ پزی در اینجا راه انداخته بود و گچ نیم کوب را برای استفاده در بازسازی مسجد، درست می‌کرد.
استاد دانشکده معماری و شهرسازی دانشگاه هنر اسلامی تبریز با وارد دانستن برخی ایرادها به گنبد بازسازی شده مسجد کبود خاطرنشان می‌کند: شواهد و مستندات و هندسه‌ی مسجد نشان می‌دهد که گنبد مسجد کبود دارای گریو بوده است، اما هیچ تلاشی برای نشان دادن آن نکرده و هر الگویی را که بلد بودند بر روی گنبد اجرا کرده‌اند؛ مسجد و مقبره‌های داخل آن به طور همزمان ساخته شده‌اند و مقبره در سمت قبله قرار دارد و هیچ مسجدی با این ویژگی نداریم، معماری مسجد به طور کامل متفاوت بوده و کاشیکاریها، کاشیکاری‌های طلا چسبان و رنگ آبی آسمانی و ترکیب آجر و کاشی این مسجد را از دیگر مساجد متمایز کرده است.
او ادامه می‌دهد: گفته می‌شود سنگ‌های مرمر مسجد کبود در حجم‌های بسیار بزرگ از آذرشهر آورده شده و سوره‌ی نبأ و یا به تعبیری سوره‌ی ولایت که نشان دهنده‌ی شیعه بودن مردم است که این آیه را برای مقام ولایت استفاده می‌کرده‌اند، بر روی آن نگاشته شده است؛ مسجد کبود در کتاب حافظ حسین کربلایی به نام مجموعه‌ی مظفریه آمده و از زمان قاجار به نام مسجد کبود معروف شده است.
نژاد ابراهیمی با تشریح گمانه‌ها در خصوص مقبره واقع شده در مسجد کبود، می‌گوید: به تعبیری گفته می‌شود جهانشاه در این مقبره دفن شده است، اما تعبیر دیگری نیز در این خصوص وجود دارد که می‌گوید جهانشاه به دست حسن پادشاه در جنگ در منطقه سردرود کشته شده و تدفینی در این مقبره انجام نشده است.
مدیرعامل انجمن دوستداران میراث فرهنگی آذربایجان شرقی در بخش پایانی سخنانش خاطرنشان می‌کند: باید مسجد کبود به همان صورت که بود، دیده می‌شد، نه اینکه به صورت آزمایشگاهی حرکت می‌کردیم؛ در کنار اصول مرمتی باید به اصول زیبا شناختی نیز توجه می‌شد.
عضو شورای فنی گروه حفاظت ایکوم ایران نیز در ادامه با بیان اینکه کاش برنامه مناسب جهت حفظ و مرمت آرایه های کاشی مسجد کبود به صورت علمی، جامع و بلندمدت داشتیم؛ آرایه های کاشی معرق به ویژه مرحلۀ تخمه گذاری معرق سردر این مجموعه را بی‌نظیر عنوان می‌کند و می‌گوید: همچنین شاید تنها نمونه‌های کاشی زرین فام مربوط به دوره‌ی قره قویونلوها در ایران، در این مسجد باقی مانده که بسیار حائز اهمیت است.
یاسر حمزوی با اشاره به برخوردهای چندگانه در مداخلات مرمتی و بازسازی آرایه های کاشی مسجد کبود، بیان می‌کند: اصل تمایز یکی از اصول مرمتی بوده که بخش بازسازی شده از نظر جنس، رنگ یا بافت باید با اثر تاریخی، متمایز باشد تا مخاطب بتواند اثر تاریخی و بخش بازسازی شده را تشخیص دهد.
وی می‌افزاید: در مرمت آرایه‌های معماری یک بنا، در ابتدا پس از مطالعات همه جانبه و جامع، یک تصمیم کلی گرفته و بر این اساس تا حد زیادی مشخص می‌کنیم که پایان کار چگونه باید باشد، با چه روشی و به چه میزان مداخله انجام خواهیم داد، در واقع نوع و میزان مداخله برای همه آسیب‌ها در همه بخش‌های بنا از ابتدا باید مشخص شود و به طور معمول این نوع مداخله و مرمت تا چند سال طول خواهد کشید، متاسفانه این شیوه‌ی مطالعه، تصمیم‌گیری و مداخله در مورد مرمت آرایه‌های کاشی مسجد کبود چندان رعایت نشده است و ما در یک جا گچ ساده و در جای دیگر گچ و رنگ و در جایی دیگر رنگ‌ها را کم‌رنگ و یک جا پررنگ‌تر می‌بینیم و تنوع تصمیم گیری و تنوع مداخله زیاد است.
حمزوی بیان می‌کند: به جز حفظ اثر و ماندگارتر کردن اثر تاریخی، مداخلات مرمتی باید به خوانش اثر کمک کند تا اثر تاریخی بهتر دیده شده و بهتر درک شود، اما در مسجد کبود در بسیاری از جاها این اتفاق نیافتاده است.
او می‌گوید: استفاده از ملات گچی سفید رنگ بر روی شواهد آرایه های کاشی، از نظر ظاهری بسیار زننده بوده و بخشی از اثر تاریخی را نیز پنهان کرده است، در واقع در برخی بخش‌ها بر روی ملات تاریخی، رد کاشی‌های شش ضلعی(مسدس) باقی مانده که همین شواهد دارای ارزش است و نباید این شواهد تاریخی از بین برود.
عضو شورای فنی گروه حفاظت ایکوم ایران در خاتمه با اشاره به جایگاه فرهنگ در بازسازی و مرمت بناهای تاریخی و آرایه‌های معماری خاطرنشان می‌کند: اگر بازسازی گونه‌ای از آثار جزو فرهنگ مردم باشد، این بازسازی‌ها دارای اصالت است و ایرادی ندارد، مثل معابد تاریخی ژاپن که هر ساله قطعات فرسوده با چوب‌های جدید تعویض می‌شود و همچنین هر ۲۰۰ سال یکبار (طبق فرهنگ بومی و اعتقاداتشان) تمام سازه را که چوبی است، پایین آورده و قطعات فرسوده را با قطعات جدید جایگزین کرده و بنا دوباره به شیوه‌ی اولیه ساخته می‌شود. در ایران، فقط آثار کاشی در بناهای مذهبی دارای این ویژگی بوده و جزو فرهنگ این دیار است که هر قطعه کاشی از بدنه مسجد جدا می‌شده، آن را بازسازی می کرده‌اند و این خود دارای اصالت بوده و ناگفته نماند که هدف اصلی حفظ ارزش‌های اثر تاریخی است نه خلق اثر جدید، از طرفی، نوع و میزان آسیب در نوع و میزان مداخله تأثیر گذار است.
بر اساس این گزارش، تصاویر استفاده شده مربوط به اردیبهشت و شهریور ماه سال گذشته بوده و اداره کل میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری آذربایجان شرقی با توجه به شرایط کرونایی و بسته بودن مسجد، اجازه‌ی تصویربرداری از این مجموعه را به خبرنگار ایسنا نداد و تصویربرداری را منوط به کسب مجوز و طی مراحل اداری، دانست.
