بلندترین كلیسای جلفا است و گنبد آن بزرگتر از كلیساهای دیگر است و از نظر نقاشی*های داخل نمازخانه بهتر از كلیسای وانك است . این كلیسا در سال 1627 بنا شد .
بانی این كلیسا شخصی ثروتمند بود به نام خواجه پطروس . خواجه پطرس بانی ساخت میدان بزرگ جلفا نیز هست .
گنبد كلیسای بتلهم دو پوش است 8 پنجره دور گنبد دارد از داخل نمازخانه دور گنبد با نقاشی*های زیبایی آزین یافته است و سقف آن با گلبوته*های زیادی زنگاری شده است . محراب آن نسبتاٌ وسیع است و دور تا دور آن 12 تصویر وجود دارد طبق روایات سال خوردگان این كلیسا از روی حسادت بنا شده است .
می*گویند بانی كلیسای مریم به خادم خود دستور می*دهد كه روز هفته*ی مقدس خواجه پطروس را به كلیسا راه ندهد به خاطر همین خواجه پطروس بعد از این ماجر خود كلیسایی بنا می*كند تا به قول معروف پا در كفش آودیك بانی ساختمان كلیسای مریم بكند ، ولی بعضی*ها نیز می*گویند چون در روز هفته*ی مقدس خواجه پطروس به كلیسای مریم می*رود و جایی برای نشستن نمی*یابد بنا را بر این می*دارد كه خود كلیسایی بسازد این كلیسا روبروی كلیسای مریم واقع است .
در سال 1970 هنگام تعمیر گنبد كتیبه*ای یافته می*شود كه نام چند نقاش كه نقاشی دیوارهای كلیسا را به عهده داشته*اند آورده شده بود این نقاشان عبارت بودند از میناس - ماردیروس - آسدوازادور ( میناس یكی از نقاشان مشهور اصفهان بوده است )
این كلیسا دو انجیل خطی دارد كه بر پوست نوشته شده*اند كه به سال هزار و صد و هشتاد و هفت میلادی بوده است .
در سمت غرب محوطه*ی كلیسا قبر خواجه پطروس بانی كلیسا و خواجه غوكاس فرزندش و فرزند خواجه غوكاس قرار گرفته است .
كلیسای بتلهم به خاطر داشتن جاذبه*ی توریستی و به علت فرسودگی در حال حاضر به عنوان یك موزه استفاده می*شود و مراسم مذهبی در آن انجام نمی*شود . ولی هر ساله در آخر مرداد ماه بنا بر رسم ارامنه به 12 كلیسای موجود در جلفا سر می*زنند و در هر كدام از كلیساها شمع روشن كرده دعا می*خوانند و فقط در همین روز خاص است كه این كلیسا شاهد رفت و آمد ارامنه می*شود .
