با شهادت امام رضا (ع) در سال 203 پیکر پاک آن حضرت را در کنار قبر هارون الرشید که به بقعه هارونی مشهور بود به خاک سپردند. این عمارت در میان خانه باغ بزرگ و مصفایی قرار داشت که محل حکمرانی مالک آن « حمید بن قحطبه طایی » والی توس بود. در عصر سامانیان افرادی همچون عمید الدوله فایق و ابوبکر- شهمرد به بازسازی این بقعه کمر همت بستند. پس از آن نیز در سالیان بعد در زمان سلطنت سلطان سنجر سلجوقی توسط « شرف الدین ابوطاهر قمی » و در دوره خوارزمشاهیان و تیموریان نیز اقداماتی در راستای بازسازی و تکمیل تزئینات حرم مطهر انجام گرفت. در زمان خوارزمشاهیان ( 612 هـ.ق ) کتیبه کاشی خشتی زیبایی به خط ثلث برجسته بر روی دیوار دو طرف در ورودی حرم از جانب رواق دارالحفاظ نصب شد که بر آن نام و نسب حضرت رضا (ع) تا حضرت امیرالمومنین علی (ع) ذکر شده است. چند کتیبه و سه محراب دیگر نیز مربوط به این دوره است که در مجموعه ابنیه متبرکه موجود می باشد. بنای دارالحفاظ دارالسیاده، تحویل خانه یا خزانه و مدرسه های پریزاد، بالاسر و دو در نیز از یادگارهای دوره تیموری و جامع گوهرشاد که متعلق به سال 821 هـ.ق است و بانی آن « گوهرشاد آغا » همسر « شاهرخ تیموری » می باشد.
در دوران صفویه حرم مطهر بر اثر هجوم ازبکان مورد غارت قرار گرفت و در زمان سلطنت سلطان حسین بایقرا ( 912- 875 هـ.ق ) امیر علی شیرنوایی صحن کهنه را توسعه داد و ایوان طلا را به مجموعه افزود. شاه طهماسب صفوی مناره نزدیک گنبد را مرمت و طلا کاری نمود و در سال 932 هـ.ق خشت های نفیس کاشی روی گنبد را به خشت های طلا مبدل ساخت. در قرون بعد نیز حرم مطهر دستخوش تحولات و تغییرات بسیاری گردید.
امروزه آستان قدس رضوی علاوه بر نگهداری از بناهای کهن اقدام به ساخت بناهای دیگری نیز نموده است.
گنبدهای حرم مطهر
گنبد الله وردی خان: در شرق توحید خانه گنبدی هشت ضلعی قرار دارد. این گنبد بر فراز گوری متعلق به یکی از سرداران شاه عباس صفوی به نام « الله وردی » واقع شده است. گنبد الله وردی خان به سبب کاشیکاری زیبا و نقوش و خطوط هنرمندانه ای که در آن به کار رفته است حائز اهمیت می باشد. این گنبد بزرگ که ارتفاع آن به 20/31 متر می رسد. یکی از نمادهای شهر مشهد محسوب می گردد. کتیبه ای به خط « علیرضا عباسی » مانند نواری دور گنبد را فرا گرفته است.
گنبد حام خانی: این گنبد در بخش شرقی حرم مطهر قرار دارد و « حاتم بیک اردوبادی » یکی از وزیران دوره شاه عباس صفوی را بانی این بنا می دانند.
گنبد طلا: همان طور که از نام این گنبد پیداست سطح بیرونی گنبد با خشت های طلای سطح بیرونی گنبد مزین شده است. ارتفاع این گنبد بزرگ به 20/31 متر می رسد و مهمترین نماد شهر مشهد محسوب می گردد. همچنین کتیبه ای به خط « علیرضا عباسی » دورادور گنبد را مزین ساخته است.
صحن ها
صحن عتیق ( انقلاب ): این صحن که در قسمت شمالی حرم مطهر واقع است از یادگارهای دوره سلطان حسین بایقرا می باشد. ایوان ها متعدد این صحن عبارتند از: ایوان عباسی ( شمالی ) که در دوره شاه عباس به سال 1021 هـ.ق بنا گردیده است. ایوان طلا یا نادری که به دستور امیر علی شیر نوایی در سال 872 هـ.ق ساخته شده و طلاکاری آن به دستور نادرشاه انجام شده است. ایوان نقاره خانه ( شرقی ) ایوانی که نقاره خانه بر روی آن بنا شده است و ایوان ساعت ( غربی ) که ساعت بزرگی بر روی آن قرار گرفته است و بنای آن در زمان مظفرالدین شاه قاجار پی ریخته شده است.
علاوه بر ایوان ها، دو مناره در قسمت جنوبی و شمالی این صحن به چشم می خورد. یکی از این مناره ها که در قسمت جنوبی و پشت ایوان طلا واقع شده است بوسیلۀ شاه طهماسب صفوی طلا کاری شده و مناره دیگر پشت ایوان عباسی قرار گرفته و به دستور نادرشاه افشار ساخته شده است. سنگاب مرمر سقاخانه از دیگر متعلقات این مجموعه به شمار می آید که از دوره نادرشاه افشار بر جای مانده است.
صحن نو ( آزادی ): صحن نو که امروزه به آن صحن آزادی می گویند در قسمت شرقی حرم مطهر واقع شده این صحن در سال 1233 به دستور فتحعلی شاه قاجار ساخته شده است و ایوان آن در سال 1282 ق به امر ناصرالدین شاه طلاکاری گردید. صحن نو دارای چهار ایوان است که از این میان ایوان طلا از همه معروف تر می باشد.
