جابر در چارچوب تفکر شیعی می‌اندیشیده و به نظر او کیمیا علمی الهی بوده که خداوند به پیامبران و امامان خود عرضه کرده است. جابر، حضرت آدم و موسی و عیسی علیهم السلام و فلاسفه و حکمای یونان همچون فیثاغورس، افلاطون و آپولونیوس تیانایی را امامان عصر خود می‌دانست.
طی دوره اسلامی، این عطیه الهی (علم کیمیا) به طور عمده به امامان سپرده شد و در واقع آثار جابر در موارد متعدد، مشتمل است بر نقل قولهایی از متون مربوط به علم کیمیا و خطبة البیان منسوب به امام علی(ع) و نیز دارای ارجاعات بسیار به حکمت کیمیای امام جعفر صادق.
به رغم فحوای شیعی نوشته‌های منسوب به جابر، این نظریه کراوس که مؤلفان، اسماعیلی مذهب بوده‌اند، پذیرفتنی به نظر نمی‌رسد. اول به دلیل موضع آشکار اتخاذ شده در کتاب الخمسین در مورد جانشینی موسی پسر امام جعفر صادق(ع) به جای او و دوم به دلیل این اعتقاد افراطی جابر یا گروهی از شیعیان مبنی بر تقدم و برتری حروف (برگرفته از نام بزرگان دین) بر یکدیگر، مثل عین (در علی) بر میم (در محمد)، آنگونه که در کتاب الماجد شرح داده شده است.
