با ایجاد حکومت رضا شاه محل قبلی زندان سابق که مرکب از دو یا سه اتاقک کوچک معروف به حبس نمره یک و چند اتاق و یک زیرزمین برای زندانیان عمومی بود، تکافوی خیل عظیم زندانیان را نمی‌کرد. لذا سرتیپ درگاهی، رئیس نظمیه تقاضای یک محل وسیع برای ایجاد زندان تهران را نمود.

در زمان سلطنت رضاخان دستگاه اطلاعاتي به معني خاص آن، يعني مركزي كه به جمع‌آوري خبر از كشور هدف اشتغال داشته باشد در ايران وجود نداشت. او همه چيز را از نظميه كه بعدها به شهرباني تغيير نام يافت، مي‌گرفت. سفارتخانه‌هاي ايران در كشورهاي مختلف نيز راه ديگري براي جمع‌آوري اطلاعات بود.
رضا شاه كه بقاي حكومت خود را در به بند كشيدن آزاديخوا‌هان مي‌ديد، مدت زيادي از به قدرت رسيدنش نگذشته بود كه «ماركوف» روسي را مأمور بررسي و انتخاب مكاني مناسب براي احداث زندان نمود.
محلی که برای زندان در دوران پهلوی اول در نظر گرفته شد، قصر قاجار (حدفاصل سه راه زندان، پل سیدخندان، خیابان شریعتی و خیابان پلیس فعلی) بود که دارای ساختمان‌های قدیمی و وسیع و متروکه بود.

این مجموعه که در سال ۱۱۶۸ خورشیدی توسط معمار روسی ساخته شده بود، محل مناسبی برای ایجاد زندان تشخیص داده شد و در آذر ماه ۱۳۰۸ به دست رضا شاه افتتاح گردید.

پیشنهاد قصر قجر

«ماركوف» روسي ساختمان سفارت ايتاليا و ساختمان سينگر در خيابان سعدي را به سبك كلاسيك اروپايي ساخت به همه اينها اضافه كنيد بناي زندان قصر در كاخ قجرها را. ماركوف پس از بررسي‌هاي لازم، قصر قجر را براي احداث زندان در تهران پيشنهاد كرد كه بلافاصله اعتبار لازم تأمين و طراحي و سپس عمليات اجرائي آن آغاز شد كه در نتيجه روز 11 آذر 1308 با 192 سلول آماده بهره‌برداري و توسط رضاخان افتتاح گرديد. اين در حالي بود كه در آن زمان، عده‌اي خرده مي‌گرفتند كه در هيچ جاي جهان معمول نيست، شاه زندان يا مؤسسه ديگري نظير آن را بازگشايي كند، ولي واقعيت اين بود كه او براي حفظ حكومت خود نياز شديدي به احداث اين مكان‌ها‌ي مخوف داشت.
در آن زمان پس از اداره پليس سياسي، اداره زندان از فعال‌ترين ادارات بود و در زندان قصر دو عبارت به صورت ضرب‌المثل در آمده بود كه حاكي از جو حاكم در آن دوران است:
«انشاءالله سيگار اديب السلطنه نصيبت شود» كه منظور از «اديب السلطنه» سرهنگ يحيي رادسر، رئيس پليس وقت بود كه معمولاً اجراي احكام اعدام را به عهده داشت و قبل از اعدام به زنداني سيگار تعارف مي‌كرد كه ظاهراً اضطراب او را مقداري كاهش دهد و يا « تو را از درب عليم‌الدوله بيرون كنند» منظور از درب عليم‌الدوله درِ چوبيني بود كه به محوطه‌اي تپه‌گونه ميان زندان قصر و پادگان قصر باز مي‌شد و زنداني سياسي را بر فراز بلندي‌هاي آن اعدام مي‌كردند.
دوره‌های تاریخی مجموعه قصر به 4 دوره قابل تفکیک است که مختصری از تحولات هر دوره در ادامه تشریح گردیده است:

دوره قاجار از 1213 (قمری) تا اواخر قاجار

قصر قاجار در سال 1213 ه.ق (1176ش) در دومین سال سلطنت فتحعلی شاه در خارج از تهران آن زمان ساخته شد.

این مجموعه دارای یک عمارت بزرگ شامل اندرونی و بیرونی، باغ و کلاه فرنگی بود و این بنا به قصر قجر یا تخت قجر معروف شد.
از ویژگی های این بنا آن است که در بالای تپه قرار گرفته و بنایی سه طبقه بوده است که طبقه سوم آن شامل یک اتاق بزرگ می شد که از چهار طرف مناظر اطراف آن قابل دیدن بود و چهار برج در چهار سوی آن قرار داشت که هر یک دارای اتاقی بود.
بر دیوارهای بنا تصاویر شاهزادگان قاجار نقاشی شده بود. در بین تصاویری که بر روی دیوارها بود، تصاویر جنگ های چنگیزخان مغول و تیمورلنگ نیز دیده می شد که قاجارها ادعا می کردند که نسبشان به آنها می رسد.
ناصرالدین شاه در سال ۱۲۸۶ق در بنای قصر تغییراتی به وجود آورد و ملحقاتی به آن اضافه کرد. این قصر از اواخر دوره ناصرالدین شاه کارائی اصلی خود را از دست داد.

دوره پهلوی اول 1304-1320 (شمسی)

پس از روی کار آمدن رضاشاه، سرتیپ درگاهی، رییس نظمیه آن ایام به دلیل وجود معارضان زیاد، تقاضای یک محل وسیع برای به بند کشیدن مخالفان کرد.
نیکلا مارکوف روسی (معمار و دوست رضاخان) مامور بررسی و انتخاب مکان مناسب برای احداث نخستین زندان به شیوه متمرکز شد. او قصر وسیع قاجار را برای ساخت زندان انتخاب کرد.
با انتخاب این مکان، بودجه لازم به سرعت تامین شد و سرانجام زندان قصر با ۱۹۲ اتاق برای محبوسان که ۹۶ اتاق آن جمعی و مابقی انفرادی بودند.
علاوه بر آن در قسمت مریض خانه شش اتاق شش نفری و شش اتاق یک نفری برای زندانیان مریض ساخته شده بود. زندان قصر گنجایش ۸۰۰ نفر محبوس را داشت.

دوره پهلوی دوم 1320-1357

در دوران پهلوی دوم ساختمان‌های متعددی به مجموعه اضافه شد از آن جمله ساختمان زندان شماره 2 موسوم به زندان سیاسی که به ابتکار تیمسار رزم آرا بنا شد.
در این زندان بسیاری از مخالفان رژیم پهلوی محبوس بودند.

دوره انقلاب اسلامی

زندان قصر در ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی محل حبس و محاکمه تعدادی از مسوولان رژیم سابق بود.
این زندان پس از انقلاب، محل حبس زندانیان غیرسیاسی شد و در سال 1382 به دلیل حضور زندان در میانه شهر و بافت قدیمی و فرسوده آن، تصمیم به تعطیلی این زندان تاریخی گرفته شد.
ابتدا قرار بود این فضا تبدیل به مکانی تجاری و برج های عظیم شود و حتی قسمتی از این مکان به همین دلیل تخریب شد.
اما در سال 1386 به جهت حفاظت و صیانت از یادمان های انقلاب اسلامی و گذشته سیاسی ایران و همچنین تراکم بالا و نیازمندی منطقه به اماکن تفریحی و مراکز فرهنگی تصمیم به تبدیل این زندان به باغ - موزه شد.

منابع:موسسه مطالعات و پژوهش های سیاسی،همشهری