ماه محرم ۱۳۴۲ كه مصادف با خرداد بود فرا رسيد. امام خمينى از اين فرصت نهايت استفاده را در تحريك مردم به قيام عليه رژيم مستبد شاه به عمل آورد.
امام خمينى در عصر عاشوراى ۱۳ خرداد سال ۱۳۴۲شمسى در مدرسه فيضيه نطق تاريخى خويش را كه آغازى بر قيام ۱۵ خرداد بود ايراد كرد.
در همين سخنرانى بود كه امام خمينى با صداى بلند خطاب به شاه فرمود : آقا من به شما نصيحت مى كنم، اى آقاى شاه ! اى جناب شاه! من به تو نصیحت مى كنم دست بردار از اين كارها، آقا اغفال مى كنند تو را. من ميل ندارم كه يك روز اگر بخواهند تو بروى، همه شكر كنند... اگر ديكته مى دهند دستت و مى گويند بخوان، در اطرافش فكر كن.... نصيحت مرا بشنو... ربط ما بين شاه و اسرائيل چيست كه سازمان امنيت مى گويد از اسرائيل حرف نزنيد... مگر شاه اسرائيلى است ؟ شاه فرمان خاموش كردن قيام را صادر كرد. نخست جمع زيادى از ياران امام خمينى در شامگاه ۱۴ خرداد دستگير و ساعت سه نيمه شب ( سحرگاه پانزده خرداد ۴۲ ) صدها كماندوى اعزامى از مركز، منزل حضرت امام را محاصره كردند و ايشان را در حاليكه مشغول نماز شب بود دستگير و سراسيمه به تهران برده و در بازداشتگاه باشگاه افسران زندانى كردند و غروب آنروز به زندان قصر منتقل نمودند. صبحگاه پانزده خرداد خبر دستگيرى رهبر انقلاب به تهران، مشهد، شيراز وديگر شهرها رسيد و وضعيتى مشابه قم پديد آورد.
نزديكترين نديم هميشگى شاه، تيمسار حسين فردوست در خاطراتش از بكارگيرى تجربيات و همكارى زبده ترين مامورين سياسى و امنيتى آمريكا براى سركوب قيام و همچنين از سراسيمگى شاه و دربار وامراى ارتش وساواك در اين ساعات پرده برداشته و توضيح داده است كه چگونه شاه و ژنرالهايش ديوانه وار فرمان سركوب صادر مى كردند.
امام خمينى، پس از ۱۹ روز حبس در زندان قصر به زندانى در پادگان نظامى عشرت آباد منتقل شد.
با دستگيرى رهبر نهضت و كشتار وحشيانه مردم در روز ۱۵ خرداد ۴۲، قيام ظاهرا سركوب شد. امام خمينى در حبس از پاسخ گفتن به سئوالات بازجويان، با شهامت و اعلام اينكه هيئت حاكمه در ايران و قوه قضائيه آنرا غير قانونى وفاقد صلاحيت مى داند، اجتناب ورزيد. در شامگاه ۱۸ فروردين سال ۱۳۴۳ بدون اطلاع قبلى، امام خمينى آزاد و به قم منتقل مى شود. به محض اطلاع مردم، شادمانى سراسر شهر را فرا مى گيرد وجشنهاى باشكوهى در مدرسه فيضيه و شهر به مدت چند روز بر پا مى شود. اولين سالگرد قيام ۱۵خرداد در سال ۱۳۴۳ با صدور بيانيه مشترك امام خمينى و ديگر مراجع تقليد و بيانيه هاى جداگانه حوزه هاى علميه گرامى داشته شد و به عنوان روز عزاى عمومى معرفى شد.
امام خمينى در ۴ آبان ۱۳۴۳ بيانيه اى انقلابى صادر كرد و درآن نوشت : دنيا بداند كه هر گرفتارى اى كه ملت ايران و ملل مسلمين دارند از اجانب است، از آمريكاست، ملل اسلام از اجانب عموما و از آمريكا خصوصا متنفر است... آمريكاست كه از اسرائيل و هواداران آن پشتيبانى مى كند. آمريكاست كه به اسرائيل قدرت مى دهد كه اعراب مسلم را آواره كند. افشاگرى امام عليه تصويب لايحه كاپيتولاسيون، ايران را در آبان سال ۴۳ در آستانه قيامى دوباره قرار داد.
سحرگاه ۱۳ آبان ۱۳۴۳ دوباره كماندوهاى مسلح اعزامى از تهران، منزل امام خمينى در قم را محاصره كردند. شگفت آنكه وقت باز داشت، همانند سال قبل مصادف با نيايش شبانه امام خمينى بود.حضرت امام بازداشت و به همراه نيروهاى امنيتى مستقيما به فرودگاه مهرآباد تهران اعزام و با يك فروند هواپيماى نظامى كه از قبل آماده شده بود، تحت الحفظ مامورين امنيتى و نظامى به آنكارا پرواز كرد. عصر آنروز ساواك خبر تبعيد امام را به اتهام اقدام عليه امنيت كشور ! در روزنامه ها منتشر ساخت.
علی رغم فضاى خفقان موجى از اعتراضها به صورت تظاهرات در بازار تهران، تعطيلى طولانى مدت دروس حوزه ها و ارسال طومارها و نامه ها به سازمانهاى بين المللى و مراجع تقليد جلوه گر شد.
اقامت امام در تركيه يازده ماه به درازا كشيد در اين مدت رژيم شاه با شدت عمل بى سابقه اى بقاياى مقاومت را در ايران در هم شكست و در غياب امام خمينى به سرعت دست به اصلاحات آمريكا پسند زد. اقامت اجبارىدر تركيه فرصتى مغتنم براى امام بود تا تدوين كتاب بزرگ تحرير الوسيله را آغاز كند