شیخ صفی در سال 735 هجری قمری، فوت شده و آرامگاهش در نزدیکی خانقاه و محل سکونت وی است. بناهای این مجموعه، از زیباترین آثار تاریخی اسلامی ایران در عصر صفوی بوده و یکی از آثار باستانی مهم کشور به شمار می رود. سردر اصلی و کاشی کاری بقعه شیخ صفی الدین تا سال ۱۳۲۱ خورشیدی در ضلع شمالی میدان فعلی عالی قاپو (آلا قاپی) قرار داشته که در آن سال بقایای سردر به دستور اداره کل باستان شناسی برداشته شد و کاشیهای معرق آن فعلا در انبار بقعه نگهداری می‌شوند. سردر مذکور در زمان شاه عباس دوم برای بقعه ساخته شد و زیر نظر اسماعیل نقاش اردبیلی در سال ۱۰۵۷ به اتمام رسید. در حال حاضر هیچگونه آثاری از این سردر مشهود نیست. امروزه از ضلع شرقی میدان عالی قاپو با گذشتن از در چوبی بزرگ وارد حیاط مشجر مستطیل شکل بقعه به ابعاد ۹۲*۵/۲۶ متر می‌شویم. دور تا دور این حیاط با دیوارهای آجری که از روی ازاره سنگی و به صورت تاقنم ساخته شده محصور گشته است. ضلع شرقی حیاط مذکور با دری به ابعاد 1450*570 سانتی متر غیر مسقف باز می‌شود. این راهرو بینابین حیاط بزرگ مشجر و صحن اصلی قرار دارد. راهروی مذکور با دری در ضلع شمالی به محوطه شهیدگاه و در ضلع جنوبی به محوطه‌ای معروف به «چله خانه» یا قربانگاه مرتبط می‌شود که در سالهای اخیر در مشرف به شهیدگاه مسدود شده است. دیوارهای جانبی این راهرو دارای تاقنمای کاشی کاری بوده که به مرور ایم ریخته و اکنون قسمتی از آ«بازسازی شده است. راهرو مذکور با گذشتن از محوطه کوچک درگاه سنگی به صحن اصلی متصل می‌شود. صحن اصلی حیاطی است مستطیل شکل به ابعاد ۴۰/۳۰*۱۰/۱۶ متر مفروش با تخته سنگهای صاف که حوضی در وسط آن قرار دارد. درگذشته در وسط این حوض چاه آبی بوده است که با استفاده از سطل و طناب برای وضو گرفتن از آن استفاده می‌شده است. این چاه در حال حاضر مسدود شده است مسج جنت سرا: در سمت چپ سرسرای ورودی، مسجد جنت سر قرار گرفته. جنت سرا به صورت فضای هشت ضلعی طراحی شده و فاقد محراب است. چنین به نظر می‌رسد که فضای جنت سرا بیشتر برای انجام مراسم صوفیانه و گرفتن مجالس سماع عارفانه بوده و سنگ میدان یا «میدان داشی» آن هنوز در مجموعه بقعه شیخ صفی الدین موجود است. مسجد جنت سرا در گذشته دور دارای سقف گنبدی بوده که پس از فرو ریختن در دوره قاجاریه، سقفی چوبی و مسطح روی آن ایجاد شد که بر ۱۶ ستون چوبی استوار شده است. مسجد جنت سرا از نمای بیرونی مشرف به صحن داخلی سرسرای عظیمی است که در مقابل آن پنجره مشبک گره چینی نصب شده و در جناحین آن دو نیم قوس در ورودی اتاق متولی قرار گرفته است.
قندیل خانه: این بخش در حقیقت قسمت اصلی بناست و دقیقا رو به روی سرسرای ورودی در دو طبقه قرار گرفته است. پنج پنجره چوبی در طبقه فوقانی و پنج پنجره در زیر آن نمای بسیار زیبایی را قندیل خانه بخشیده است.
چینی خانه: چینی خانه در قسمت شرقی قندیل خانه یا رواق اصلی قرار گرفته که با دو ورودی باریک با دارالحفاظ ارتباط می‌یابد. ساختمان چینی خانه دارای جهار شاه نشین و دارای تاقنماهای فوق العاده زیبا و نفیس از نوع مقرنس گچی است که روی آن نقاشی و طلاکاری شده است. هماهنگی و توازن رنگها با سطوح مقرنس از اسلیمه و گلهای مختلف منظره‌ای شگفت انگیز را ایجاد کرده است. این مکان در دوره صفویه محل نگهداری نگهداری ظروف زرینه، سیمینه و ظروف سفارشی شاه عباس اول از کشور چین بوده است.
بخش های مختف بقعه شیخ صفی الدین عبارت‌اند از:
۱. حرم و دارالحفاظ ۲. مقبره شاهزادگان در جانب شرقی دارالحفاظ ۳. ایوان بزرگ رو به قبله دارالحدیث که از آثار دوران شاه اسماعیل اول بوده و در دو جانب غربی و شرقی آ«مقبره های مسقفی از اولاد و مشایخ صوفیه قرار داشته است. ۴. چله خانه های قدیم و جدید و محل جلوس شیخ صفی الدین بوده است. ۵. مقبره مادر شاه طهماسب ۶. مقصوره‌ای در برابر ایوان دارالحدیث ۷. محوطه شهیدگاه در شمال گنبد دارالحدیث ۸. محل جلوس شیخ صدرالدین موسی ۹. حجره ها که از چهل عدد بیشتر بوده ۱۰. صفه مزارهای برخی از امیران و سران خاندان صفوی ۱۱. نانوا خانه یا آشپزخانه ۱۲. آشپزخانه و دیگ خانه و حجره های متعلق به آن و ایاغ خانه ۱۳. حجره رو به مزار شیخ صفی الدین که آرامگاه مشایخ صوفیه بوده است. ۱۴. شربت خانه در کنار چشمه آبی مشتمل بر حوض و محل پختن حلواه و شیرنی ها ۱۵. خونچه خانه و انبار با حجره های فوقانی و تحتانی ۱۶. دفترخانه شامل دهلیز و خانه و محوطه‌ای میان شربت خانه و خونچه خانه ۱۷. نقاره خانه که زیر سقف آن سقاخانه بوده و در پشت آن حمام و برخی خانه های متعلقه قرار دارد. ۱۸. هیمه خانه و زمینی در اطراف آن ۱۹. فضای بیرون در آستانه که در مقابل آن کوچه و دکانها قرار داشت.
