حوزه مطلوب از دیدگاه حضرت امام (ره)، حوزه‌ای است كه توسط علما و مدرسین بزرگ به "خود سامانی" برسد و با تكیه بر منبع سرشار و همیشه جوشنده قرآن و در راستای تهذیب اخلاق خود و مردم جامعه، بکوشند.
حوزه های علمیه از دیر باز تاکنون، منبع صدور معارف اسلام ناب محمدی، فرهنگ اصیل شیعی و میراث جهاد پاکبازانه عالمان بوده است، این مراكز تعلیم و تعلّم علوم اسلامی كه طی قرون و اعصار در جای جای جوامع اسلامی به وجود آمده و فعالیت نموده اند، ریشه در رسالت پیامبر اكرم (ص) كه "تعلیم" و "تزكیه" مردم بوده، دارند.
این خط هدایت و حركت به سوی سعادت و كمال در زمان ائمه (ع) توسط اصحاب و شاگردان پرتعدادشان پیگیری می‌شد و پس از غیبت امام زمان مهدی موعود (ارواحنا فداه) توسط علمای باتقوا و ربانی ادامه یافت و حلقه های تعلیم و تربیت عصر نبوی و مدرسه پر رونق عصر صادقین (ع) در ادامه حیات پر بركت خود مدرسه ها و دوره های متنوع با آثار و بركات فراوان را تجربه كرد.
مدرسه بغداد و ری در دوره غیبت صغری و آغاز دوره غیبت كبری و سپس حوزه عریق و پربرگ و بار نجف اشرف كه در جوار "باب مدینه علم نبی" به دست با كفایت و نیت خالص شیخ الطایفه تأسیس گردید و تا امروز همچنان برقرار است.
حوزه پر بركت حلّه، حوزه جبل عامل، حوزه اصفهان، حوزه تهران و حوزه قم كه در دوره اخیر آثار و بركات علمی و عینی خیره‌كننده و اعجاب آوری از خود نشان داده است.
اگر منصفانه و از سر بی طرفی كارنامه حوزه‌های علمیه شیعه را مورد بررسی قرار گیرد، كارنامه درخشان و قابل قبول بلكه قابل افتخاری را به نمایش خواهد گذاشت. كارنامه ای كه مشحون از محصولات علمی از یك سو و اثرگذاری و خدمات اجتماعی و عینی از سوی دیگر است.
پرورش هزاران فقیه، فیلسوف، محدّث، متكلّم، عارف و مفسر در حوزه‌های علمیه و نگاشته‌های فراوان آنها در رشته‌های گوناگون علوم اسلامی و دانش‌های وابسته و پیوسته، چیزی نیست كه قابل انكار و یا نیازمند ذكر سند و مدرك باشد، چرا كه در عینیت جوامع اسلامی در درازای تاریخ و پهنه جغرافیای وسیع اسلامی مشهود همگان است.
امام خمینی (ره) یكی از تربیت شدگان حوزه علمیه قم و دانش آموخته از محضر بزرگترین فقها، حكما و عرفاء عصر خود بوده است؛ چنانكه علاوه بر جامعیت كم نظیر علمی، از جانی مهذب و نفسی خود ساخته برخوردار بود و در حوزه‌های علمیه به عنوان معلم بزرگ اخلاق و مرجعی بسیار وارسته شناخته می‌شده است.
ایشان به عنوان بنیانگذار انقلاب اسلامی، رسالت روحانیون را در راستای تداوم رسالت پیامبران و ائمه هدی (ع) دانسته و در رابطه با جامعیت رسالت روحانیت می فرمایند: «روحانیون مظهر اسلامند، اینها مبین قرآنند، اینها مظهر نبی اکرمند.» ایشان با بیان دیگری در معرفی رسالت حوزه ها اینگونه بیان می کنند: «حوزه های روحانیت محل تدریس و تعلیم و تبلیغ و رهبری مسلمانان است ... جای آنهاست که امانتدار و جانشین پیغمبران هستند.
محل امانت داری است و بدیهی است که امانت الهی را نمی توان به دست هر کس داد.» چنین اوصافی آن هم از لسان رهبری همچون امام بزرگوار، نشان دهنده سنگینی وظیفه حوزه ها در تبیین اسلام است.
امام راحل (ره) درباره نقش هدایتگر روحانیت در جامعه می گویند: «روحانیین که مربی انسان ها هستند، به جای انبیاء نشسته اند، مبعوث از طرف انبیاء هستند.» ایشان همچنین در خطابی به علماء چنین بیان می دارند: «آقایان علمای اعلام مسئولیتشان زیاد است. چنانچه شغلشان از همه شریفتر است. شغل، شغل انبیاء است و مسئولیت، مسئولیت انبیاء»
حضرت امام (ره) نسبت به نحوه اداره حوزه‌های علمیه شیعه، معتقد به همان روش سلف صالح یعنی خودسامانی و استقلال مدیریتی بوده است.
ایشان در پیامی كه به مناسبت چهارمین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی صادر كردند نوشتند: « یكی از امور مهمی كه مورد توجه بزرگان و علمای حوزه علمیه قم بوده است... ایجاد نظم و انظباط در حوزه هاست... كه به عهده همه خصوصاٌ فضلا و علما و مدرسین می‌باشد و با همكاری جدّی همگان و با تأیید مراجع معظم می‌تواند جامه عمل پوشد.»
امام خمینی (ره) از نظر مواد تحصیلی و شیوه تحصیل و تحقیق نیز اندیشه ای استوار و راهگشا داشتند. ایشان در همان وصیت نامه سیاسی الهی خود می‌گویند: « لازم است علما و مدرسین محترم نگذارند در درس‌هایی كه مربوط به فقاهت است و حوزه‌های فقهی و اصولی، از طریق مشایخ معظم كه تنها راه برای حفظ فقه اسلامی است منحرف شوند، و كوشش نمایند كه هر روز بر دقت‌ها و بحث و نظرها و ابتكار و تحقیق‌ها افزوده شوند و فقه سنتی كه ارث سلف صالح است و انحراف از آن سست شدن اركار تحقیق و تدقیق است، محفوظ بماند و تحقیقات بر تحقیقات اضافه گردد و البته در رشته‌های دیگر علوم به مناسبت احتیاجات كشور و اسلام برنامه‌هایی تهیه خواهد شد و رجالی در آن رشته تربیت باید شود.»
حضرت امام (ره) همچنین در باب وظیفه گرانسنگ حوزه های علمیه در راستای تهذیب نفوس می فرمایند « حوزههاى علمیه همزمان با فراگرفتن مسائل علمى، به تعلیم و تعلم مسائل اخلاقى و علوم معنوى نیازمند است. راهنماى اخلاق و مربى قواى روحانى و مجالس پند و موعظه لازم دارد.
برنامههاى اخلاقى و اصلاحى، كلاس تربیت و تهذیب، آموختن معارف الهیه، كه مقصد اصلى بعثت انبیا علیهم السلام مىباشد، باید در حوزهها رایج و رسمى باشد. متأسفانه در مراكز علمى به این گونه مسائل لازم و ضرورى كمتر توجه مىشود.
علوم معنوى و روحانى رو به كاهش مىرود و بیم آن است كه حوزههاى علمیه در آتیه نتوانند علماى اخلاق، مربیان مهذب و آراسته و مردان الهى تربیت كنند و بحث و تحقیق در مسائل مقدماتى مجالى براى پرداختن به مسائل اصلى و اساسى، كه مورد عنایت قرآن كریم و نبى اعظم (صلی الله علیه وآله) و سایر انبیا و اولیا علیهم السلام است، باقى نگذارد.
خوب است فقهاى عظام و مدرسین عالی مقام، كه مورد توجه جامعه علمیه مىباشند، در خلال درس و بحث به تربیت و تهذیب افراد همت گمارند و به مسائل معنوى و اخلاقى بیشتر بپردازند.
محصلین حوزهها نیز لازم است در كسب ملكات فاضله و تهذیب نفس كوشش كرده، به وظایف مهم و مسئولیت هاى خطیرى كه بر دوش آنان است اهمیت دهند.»
با توجه به انچه گفته شد، حوزه مطلوب از دیدگاه حضرت امام (ره)، حوزه‌ای است كه توسط علما و مدرسین بزرگ به "خود سامانی" برسد و براساس نظمی از درون اداره شود و اراده‌های بیرون از حوزه، نتواند در سرنوشت این شجره هزار ساله تأثیر گذار باشد و از سوی دیگر با تكیه بر منبع سرشار و همیشه جوشنده قرآن و عترت و به كار بستن شیوه سلف صالح در تحصیل و تحقیق و عدم تخطی از روش تحقیق ریشه‌دار و امتحان پس داده حوزه ها؛ اجتهادی روز آمد و پاسخگو به جامعه عرضه نموده و در راستای تهذیب اخلاق خود و مردم جامعه، بکوشند.
