سیر تکاملی جنگ ها در گنجینه اسلحه و سلاح
در ادامه راهروها و طبقات موزه مرکزی آستان قدس، گنجینه اسلحه و سلاح های جنگی، فضایی است که سیر تكاملی اسلحه سازی را در برابر دیدگان قرار می دهد. انواع اسلحه های قدیمی، انواع شمشیر و لباس های رزم در دوران های مختلف تاریخ، از جمله دیدنی های این گنجینه است.  

انواع شمشیر و لباس های رزم در دوران های مختلف، از جمله دیدنی های گنجینه موزه قدس رضوی است

 از جمله سلاح های مختلف در این مجموعه، شمشیر فولادی جواهردار است. قبضه این شمشیر احتمالا از شاخ بوفالو، بلچاق و آهنگ و قبه‌ شمشیر با طرح منقش گلدار طلاکوب شده است. این نوع شمشیر با انحنای زیاد از دوره‌ صفوی رایج بوده است.

شگفتی آفرینش در گنجینه آبزیان
در انتهای گنجینه اسلحه و سلاح های جنگی، گنجینه آبزیان قرار دارد که در این مجموعه نزدیک به ۵۰۸ قطعه از شگفت‌انگیزترین موجودات دریایی گردآوری شده است و از شاخص ترین موجودات آبزی که توجه بیشتر بازدیدکنندگان را به خود جلب می کند.   

در مجموعه آبزیان موزه قدس رضوی، نزدیک به ۵۰۸ قطعه از شگفت‌انگیزترین موجودات دریایی گردآوری شده

موزه نجوم
گنجینه بعدی محلی است از انواع وسایل نجومی و رصدی از اسطرلابی که با فلز برنج ساخته شده است، تا دوربین تک چشمی جواهرنشان دیده می شود.     

 در موزه آستان قدس رضوی انواع وسایل نجومی و رصدی دیده می شود

روح افزاترین گنجینه؛ قرآن‌هایی منسوب به دست خط ائمه
گنجینه قرآن و نفایس مقصد بعدی است، که ساختمانی جدا از موزه مرکزی دارد. وارد موزه که بشوید اولین اثری که نظر هر بیننده ای را به خود جلب می کند پرده بزرگی است که نقاشی های مربوط به واقعه عاشورا را به تصویر کشیده است.

این اثر بزرگترین پرده تعزیه خوانی روز عاشورا و متعلق به دوران قاجاریه است که با رنگ روغن و بر روی پارچه ابریشم نقاشی شده و گرداگرد این اثر ترجیع بند معروف محتشم کاشانی نوشته است.  

 گنجینه قرآن و نفایس موزه قدس رضوی، ساختمانی جدا از موزه مرکزی دارد

در این گنجینه صفحاتی از قرآن هایی نفیس منسوب به دستخط حضرت علی (ع)، امام حسن (ع)، امام حسین (ع)، امام سجاد (ع) و امام رضا (ع) مجموعه ای کم نظیر و روحانی برای بازدید کنندگان فراهم کرده است.  

 
همچنین در بخش های دیگری از این گنجینه، مجموعه هایی از نسخ خطی از جمله دیوان حافظ وجود دارد.

گنجینه ای از هدایای دوستداران جمهوری اسلامی ایران
از دیگر آثار نفیسی که در طبقه همکف که متعلق به مقام معظم رهبری بوده و از سوی ایشان به موزه آستان قدس اهدا شده است می توان از تابلوهای خط و تذهیب، نقاشی، ‌فرش، تراش روی شیشه، ‌معرق چوب، معرق صدف، سوزن‌دوزی، قلم زنی روی مس، انواع ظروف، ماكت ها، مدال‌ها نام برد كه توسط شخصیت های داخلی و خارجی به مقام معظم رهبری هدیه شده است.

  ماکت قدس شریف در موزه آستان قدس رضوی

 
از جمله این هدایای با ارزش ماکت قدس شریف است که از صدف ساخته شده است.