امامزاده خدیجه خاتون بنای آرامگاهی است كه بر روی مزار بی بی خدیجه از فرزندان امام موسی بن جعفر بنا گردیده و قدمت آن به دوران قاجار باز می گردد . این بنا در جنوب بافت تاریخی مهرجرد و در كنار قبرستان و مدرسه تاریخی آن قرار داشته و ساختار آن از یك گنبدخانه مركزی با صحن و ایوان و ورودی (شمالی) و یك دور رواق در سه راستای دیگر (شرق وغرب و جنوب ) اجرا گردیده است . مصالح عمده مصرفی این بنا خشت بوده و تزئینات لایه های داخلی آن با اندود گچ اجرا شده است . امام زاده خدیجه خاتون (س): این امام زاده كه در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است همواكنون در مركز شهرستان میبد در تقاطع خیابانهای طالقانی و شهید وحیدی واقع در محله مهرجرد می باشد. سنگهای موجود در این آرامگاه وجود این بنا را در قرن ششم و هشتم هجری تایید می نماید. عامه مردم اشتباهاً شخصیت مدفون در این مزار را به فرزند امام هفتم (ع) و خواهر امام رضا(ع) نسبت می دهند لیكن حسب اشارت علمای انساب این مرحومه را منتسب به امام جعفرصادق (ع) می دانند كه وی خواهر امام زاده جعفر(ع) مدفون در شهر یزد معرفی نموده اند و ظاهراً در نیمه دوم قرن پنجم وفات نموده است . بهسازی ، بازسازی و احداث شبستان، رواق، صحن و حرم و سرویسهای بهداشتی این بارگاه مقدس در سالهای 1381 تاكنون بازسازی و ضریح آن كه از جنس مطلی می باشد در سال 1384 توسط اداره اوقاف و امور خیریه شهرستان میبد انجام گردیده است احداث و بهره برداری كتابخانه عمومی در ضلع جنوبی استان مذكور نیز با بیش از 5000 جلد كتاب درسال 1382 توسط اداره اوقاف و امور خیریه شهرستان میبد به این مكان رونق خاصی بخشیده است . . این بنا با شماره ۲۵۲۹ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
