به طور کلی رنگ چشم بستگی به مقدار ماده ای به نام ملانین دارد. ملانین رنگدانه ی قهوه ای تیره است که در عنبیه افراد وجود دارد. چشم آبی نشان دهنده میزان کم ملانین است، در حالی که چشم قهوه ای حاوی مقدار زیادی از این ماده است. در نتیجه انسانهایی که پوست و موی تیره دارند ، دارای مقدار زیادی ملانین هستند، بنابراین استعداد داشتن چشم قهوه ای را دارند ولی افرادی که مو و پوست روشن دارند مقدار کمی از این رنگدانه دارند و رنگ چشم اکثر آنها روشن است. به همین علت است که بیشتر نوزادان با چشم آبی به دنیا می آیند ولی به مرور زمان وقتی بدن آنها شروع به تولید ملانین می کند ، رنگ چشم آنها هم عوض می شود. وقتی که یک انسان مقدار متفاوتی ملانین در هر یک از عنبیه هایش باشد، رنگ دو چشم او متفاوت خواهد بود. Chromia Iridis Hetero ( اصطلاح علمی برای داشتن رنگ چشم های متفاوت در یک جاندار) تقریباً در انسانها نادر ، ولی در بسیاری از حیوانات مثل اسب، گربه و بعضی از نژادهای سگ رایج است. این خصوصیت ( داشتن دو رنگ چشم متفاوت در یک فرد) نتیجه تغییرات در یکی از ژنهایی است که رنگ چشم را کنترل می کنند که می تواند ارثی باشد. البته صدمات و یا بعضی از داروهای خاص در افزایش و یا کاهش مقدار رنگدانه ها در یکی از عنبیه ها تاثیر می گذارد و یا حتی بعضی از سندرم ها مانند: Syndrome Waardendurg می تواند باعث بروز این خصوصیت درفرد شود. البته درحالیکه گروهی از این افراد از لنزهای رنگی برای تطابق دو چشم خود استفاده می کنند، عده ای دیگر به این خصوصیت بارز خود می بالند!
