برخی منابع عثمانی و بکتاشی، پیدایش قشون ینگی چریک یا همان ینی چری‌ها را به زندگی حاجی بکتاش مربوط می‌کنند. این ادعا نمی‌تواند صحت داشته باشد زیر ا قشون ینگی چریک در نیمه د وم سده چهاردهم میلادی پدید شد یعنی یک قرن پس از حاجی بکتاش که قطعاً قبل از سال ۱۲۹۵ درگذشته بود از طرفی مهم‌ترین شورش بکتاشی‌ها در سال ۹۳۳ ق در ولایت قرامانیه رخ داد، رهبری این شورش را فردی به نام قلندر چلبی به دست داشت که خود را از تبار حاجی بکتاش می‌خواند. مورخین شورش قلندر چلبی را سخت‌ترین شورشی می‌دانند که در زمان تهاجم سلیمان قانونی به اعماق قاره اروپا در آناتولی رخ داده بود که اتفاقاً به وسیله قوای ینی چری سرکوب شد؛ ولی سده‌های هفدهم و هجدهم میلادی که این طریقت گسترش بسیاری در آناتولی یافت و در همین دوران، به تدریج طریقت بکتاشی در میان ینی چریان گسترش یافت، بسیاری از ینی چریان به عضویت این طریقت درآمدند و از اوائل سده هیجدهم دراویش بکتاشی در مقام مرشد دینی و پیشنماز واحدهای قشون ینی چریک جای گرفتند. در اواخر سده هیجدهم، پیوند ینی چریان با طریقت بکتاشی بدانجا رسید که سلطان سلیم سوم در دومین سال سلطنتش ینی چریان را پسران حاجی بکتاش (حاجی بکتاش اوغوللری) و مریدان حاجی بکتاش (حاجی بکتاش کوچیکلری) خطاب کرد.
سلطان محمود دوم همزمان با اصلاحات غرب گرایانه در این عثمانی، پس از سرکوب و انحلال خونین قشون ینی چری، در سال ۱۸۲۶ طریقت بکتاشی را نیز منحل کرد. علت این اقدام پیوند بکتاشیان با ینی چریان بود. محمود برای تحقق این هدف اجتماع بزرگی را از علمای استانبول و سران فرقه‌های دراویش نقشبندیه، مولویه، خلوتیه، سعدیه و قادریه گرد آورد و این جمع به تکفیر بکتاشی‌ها نظر داد. بلافاصله، سران بکتاشی دستگیر شدند؛ سه تن از ایشان - قا ینچی بابا، آقاسی زاده بابا و صالح بابا - به قتل رسیدند و سایر رهبران طریقت تبعید شدند. در میان این تبعیدیان ابراهیم بابا نیز حضور داشت که به عنوان ”وکیل“ حاجی بکتاش شناخته می‌شد. این سرکوب بر اساس سلسله مراتب در فرقه بکتاشی نبود بلکه تنها عناصر نامطلوب اعدام و تبعید شدند نه برجسته‌ترین ایشان. به علاوه، برخی از کسانی به اتهام بکتاشی گری گرفتار و تبعید شدند. شمار اعضای این طریقت را در زمان انحلال آن به دست محمود دوم حدود هفت میلیون نفر می‌داند. ظاهراً بکتاشیان با فرقه‌های مخفی یهودی در عثمانی و نیز شورش شابتای زوی نیز رابطه داشتند. فرقه بکتاشی در فروپاشی دولت عثمانی نیز نقش مؤثر داشت و به این دلیل تا مدت‌ها پس از استقرار جمهوری ترکیه امید می‌رفت که، برخلاف سایر فرقه‌های دراویش، منحل نشود. مع‌هذا، در ۲۰ نوامبر ۱۹۲۵ مجلس عالی جمهوری ترکیه قانون شماره ۶۷۷ را تصویب کرد که طبق آن تمامی فرقه‌های دراویش منحل، زاویه‌ها و تکایا تعطیل، و داشتن عناوینی چون شیخ و بابا و سید و مرشد و خلیفه و دده و چلبی ممنوع شد. در این زمان تعداد اعضای فرقه یک میلیون نفر تخمین زده می‌شد. باانحلال فرقه‌های دراویش در ترکیه، مرکز فرقه بکتاشی به آلبانی انتقال یافت ومورد حمایت حکومت وقت آلبانی قرار گرفت. زاغ شاه (احمد زاغولی) دیکتاتور وپادشاه آلبانی که خود به فرقه بکتاشی گرایش داشت، ”ده ده" فرقه بکتاشی را شخصاً منصوب می‌کرد. در ۱۹۳۷در آلبانی ۱۵۰ تا ۲۰۰ هزار بکتاشی می‌زیستند که ۱۵ تا ۲۰ درصد جمعیت این کشور را تشکیل می‌دادند. در دوران استقرار حکومت کمونیستی در آلبانی، شهر دیترویت در ایالات متحده آمریکا به مرکز فرقه بکتاشی بدل شد. در این دوران، رهبری فرقه را بابا رکسب به دست داشت که در سال ۱۹۴۴ از آلبانی به ایالات متحده آمریکا مهاجرت کرده و اولین تکیه بکتاشی را در این کشور تأسیس نموده بود. بر طبق آمار سال ۲۰۰۲ یک پنجم مسلمانان آلبانی بکتاشی مذهب و بقیه اهل تسنن هستند
