بررسی‌های تیم کنترل زمینی نشان می‌دهد هیچ نقص سخت‌افزاری یا نرم‌افزاری موجب این قطع تماس نشده بود. در واقع، عامل اصلی قطع ارتباط، نوعی خطا در زمانبندی بود که در طول عملیات فضاپیما برای آماده‌شدن جهت نزدیک‌شدن به پلوتو رخ داده بود.
این موضوع موجب شد نیوهورایزنز به رایانه پشتیبان و نه رایانه اصلی متکی شود و چنین موضوعی موجب وقفه 81 دقیقه‌ای در مخابره ارتباط رادیویی این فضاپیما به کنترلرهای زمینی شد. فضاپیمای نیوهورایزنز روز چهارم ژوئیه (13 تیر) دچار مشکل شد و ارتباط آن با زمین قطع شد. با این حال، با تلاش‌های انجام‌شده، ارتباط این سامانه با زمین دوباره برقرار شد.
مرکز عملیات این ماموریت در آزمایشگاه علوم کاربردی دانشگاه جانزهاپکینز در مریلند، 10 روز مانده به رسیدن این فضاپیما به پلوتو، ارتباطش با فضاپیما قطع شد. با این حال، تیم کنترل از طریق سامانه «شبکه اعماق فضای» ناسا دوباره با این فضاپیما ارتباط برقرار کرد.
خلبان خودکار فضاپیما متوجه بروز مشکل در فضاپیما شد و از حالت استفاده از رایانه اصلی به صورت بهره‌گیری از رایانه پشتیبان در آمد. این خلبان، فضاپیما را در حالت ایمن قرار داد و به رایانه پشتیبان دستور داد ارتباط خود با زمین را برقرار کند. نیوهورایزنز سپس شروع به مخابره اطلاعات دورسنجی جهت کمک به مهندسان برای تشخیص‌دادن مشکل کرد.
نیوهورایزنز تقریبا سه میلیارد مایل از زمین فاصله دارد و در این فاصله، سیگنال‌هایی رادیویی حتی چنانچه با سرعت نور حرکت کنند، برای رسیدن به زمین 4.5 ساعت زمان لازم دارند. در حال حاضر 9 ساعت طول می‌کشد که این امواج به زمین برسند.
درست ساعاتی پس از عبور نیوهورایزنز از کنار پلوتو، این فضاپیما شاهد عبور نور خورشید از میان جو این سیاره خواهد بود و چنین موضوعی به دانشمندان در تعیین ترکیبات جوی پلوتو کمک خواهد کرد.
