درباره نسب این بزرگواران در کتاب فیض (ج2 ص37 و 38) می نویسد: شاهزاده محمدبن علی هادی بن زیدبن علی کیاکی بن قاضی شرف الدین ابراهیم اول و فرزندش اسماعیل بن محمد هستند به اعتتقاد بعضی از مردم ایشان نوه امام هادی(علیه السلام) هستند.
جناب حجت الاسلام آقای همایون فراهانی این امامزادگان گرامی را منتسب به امام سجاد(علیه السلام) می داند. وی بر این نظراست که آن دو امامزاده برادرند و پسران امامزاده جعفر بن عبیدالله بن حسین الاصغر بن الامام زین العابدین(علیه السلام) هستند.
بعضی اظهار نموده است: امامزاده اسماعیل(علیه السلام) فرزند امامزاده ابراهیم(علیه السلام) بوده و نسب شریف وی با پنج واسطه به امام سجاد(علیه السلام) منتهی می شود و امامزاده محمد(علیه السلام) فرزند امامزاده اسماعیل(علیه السلام) می باشد. این پدر و پسر در کنار هم مدفون می باشند. آنان در قرن چهارم هجری از مشاهیر سادات حسینی بودند.
بنابر اقوال و شهرت محلي امامزادگان محمد و اسماعيل(علیه السلام) برادر بوده و از فرزندان امامزاده جعفربن عبيدالله بن حسين الاصغر بن امام زين العابدين(علیه السلام) مي باشند پدرشان جعفر معروف به جعفر الحجه بوده و در استان مركزي صاحب نسل و اعقاب است.
چگونگي كشف مزار مطهر امامزاده محمد و اسماعيل(علیه السلام) بنابه روايت اهالي منطقه: در اواخر سلطنت لطفعلي خان زند چوپاني متوجه مي شودكه گوسفندان درون آغل همواره رو به تپه خاكي دارند و هرگز به آن پشت نكرده و از آن بالا نمي روند چوپان گوسفندان را مجبور به عبور مي كند ولي آنها سرپيچي مي كنند او اين قضيه را به حاج عبدالمحمد بزرگ شهر و باني مسجد جامع نيمور مي گويد . وي به همراه چند نفر ديگر به محل آمده خاكها را كنارمي زنند و به سنگ بزرگي مي رسند با برداشتن آن سنگ دو پيكر نوراني را مي بينندكه دستمالي برگردن دارند حاج عبدالمحمد دستمالها را جهت تبرك باز نموده كه ناگهان از گردن آن دو شهيد خون جاري مي شود و تا همان دستمالها را نمي بندد خونريزي قطع نمي گردد و بدينسان مزار دو گوهر ناب از سلاله پاك نبوي بر همگان آشكار مي گردد.
بنای این بقعه تازه احداث است. بنای آجری قبلی به دلیل شکستگی دچار تخریب شده و در بازسازی کامل شده است. ضریح مطلا که در سال 1368 شمسی ساخته شده کتیبه سوره انسان به خط ثلث و اشعاری در مدح امامزادگان دارد و اسم امامزادگان (سبطین هادی، اسماعیل و محمد) در اشعار ذکر شده است.
بناي قبلي ساختمان بقعه به دليل فرسودگي وآسيب هاي وارده در معرض تخريب قرار داشت كه هم اينك با همكاري خيرين و هيات امنا بقعه موصوف كلا تخريب شده و بناي جديد بر اساس طرح جامع در دست احداث مي باشد.
