تولد و کودکی
به سال 1333 ه.ش در شهرستان میاندوآب در یک خانواده مذهبی و باایمان متولد شد. در دوران کودکی، مادرش را – که بانویی باایمان بود – از دست داد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رسانید و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باکری به دست دژخیمان ساواک) وارد جریانات سیاسی شد.

فعالیتهای سیاسی – مذهبی
پس از اخذ دیپلم با وجود آنکه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مکانیک مشغول تحصیل شد. از ابتدای ورود به دانشگاه تبریز یکی از افراد مبارز این دانشگاه بود. او برادرش حمید را نیز به همراه خود به این شهر آورد. 
شهید باکری در طول فعالیتهای سیاسی خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواک) تحت کنترل و مراقبت بود. 
پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از کشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل کشور فعال شود. 
شهید مهدی باکری در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه حضرت امام خمینی(ره) – در حالی که در تهران افسر وظیفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفیانه زندگی کرد و فعالیتهای گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی 
بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحکام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا کرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده‌ای را از خود به یادگار گذاشت. 
ازدواج شهید مهدی باکری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه کلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزنده‌ای برای مردم انجام داد. 
شهید باکری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاشهای گسترده‌ای را در برقراری امنیت و پاکسازی منطقه از لوث وجود وابستگاه و مزدوران شرق و غرب انجام داد و به‌رغم فعالیتهای شبانه‌روزی در مسئولیتهای مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تکلیف خویش را در جهاد با کفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه‌ها شد.

نقش شهید در دفاع مقدس 
شهید باکری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتح‌المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در کسب پیروزیها موثر باشد. در این عملیات یکی از گردانها در محاصره قرار گرفته بود، که ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بی‌نظیر آنان را از محاصره بیرون آورد. در همین عملیات در منطقه رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله کمتر از یک ماه در عملیات بیت‌المقدس (با همان عنوان) شرکت کرد و شاهد پیروزی لشکریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود. 
در مرحله دوم عملیات بیت‌المقدس از ناحیه کمر زخمی شد و با وجود جراحتهایی که داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی‌سیم هدایت کند. 
در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بی‌امان در داخل خاک عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصممتر از پیش در جبهه‌ها حضور می‌یافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی،‌ هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه‌روز تلاش می‌کرد. 
در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشکر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاک گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیک آزاد شد. 
شهید باکری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداکار، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه‌جانبه‌ای را از خود نشان داد. 
در عملیات خیبر زمانی که برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی که به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده‌اش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شده است. و در نامه‌ای خطاب به خانواده‌اش نوشت: 
من به وصیت و آرزوی حمید که باز کردن راه کربلا می‌باشد همچنان در جبهه‌ها می‌مانم و به خواست و راه شهید ادامه می‌دهم تا اسلام پیروز شود. 
تلاش فراوان در میادین نبرد و شرایط حساس جبهه‌ها، را از حضور در تشییع پیکر پاک برادر و همرزمش که سالها در کنار بود بازداشت. برادری که در روزهای سراسر خطر قبل از انقلاب، در مبارزات سیاسی و در جبهه‌ها، پا به پای مهدی، جانفشانی کرد. 
نقش شهید باکری و لشکر عاشورا در حماسه قهرمانانه خیبر و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی که آنان در دفاع پاتکهای توانفرسای دشمن از خود نشان دادند بر کسی پوشیده نیست. 
در مرحله آماده‌سازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به کندی می‌گذشت اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب کرد و چونان مرشدی کامل و عارفی واصل، آنچه را که مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد بکار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت.

بیانات شهید قبل از شروع عملیات بدر 
همه برادران تصمیم خود را گرفته‌اند، ولی من به خاطر سختی عملیات تاکید می‌کنم. شما باید مثل حضرت ابراهیم(ع) باشید که رحمت خدا شامل حالش شد، مثل او در آتش بروید. خداوند اگر مصلحت بداند به صفوف دشمن رخنه خواهید کرد. باید در حد نهایی از سلاح مقاومت استفاده کینم. 
هرگاه خداوند مقاومت ما را دید رحمت خود را شالم حال ما می‌گرداند. اگر از یک دسته بیست و دو نفری، یک نفر بماند باید همان یک نفر مقاومت کند و اگر فرمانده شما شهید شد نگویید فرمانده نداریم و نجنگیم که این وسوسه شیطان است. فرمانده اصلی ما، خدا و امام زمان(عج) است. اصل، آنها هستند و ما موقت هستیم، ما وسیله هستیم برای بردن شما به میدان جنگ. وظیفه ما مقاومت تا آخرین نفس و اصاعت از فرماندهی است. 
تا موقعی که دستور حمله داده نشده کسی تیراندازی نکند. حتی اگر مجروح شد سکوت را رعایت کند، دندانها را به هم بفشارد و فریاد نکند. 
با هر رگبار سبحان‌الله بگویید. در عملیات خسته نشوید. بعد از هر درگیری و عملیات، شهدا و مجروحین را تخلیه کرده و با سازماندهی مجدد کار را ادامه دهید. 
حداکثر استفاده از وسایل را بکنید. اگر این پارو بشکند، به جای آن پاروی دیگری وجود ندارد. با همین قایقها باید عملیات بکنیم. لباسهای غواصی را خوب نگهداری کنید. یک سال است دنبال این امکانات هستیم. 
مهدی در شب عملیات وضو می‌گیرد و همه گردانها را یک یک از زیر قرآن عبور می‌دهد. مداوم توصیه می‌کند: 
برادران! خدا را از یاد نبرید نام امام زمان(عج) را زمزمه کنید. دعا کنید که کار ما برای خدا باشد. 
از پشت بی‌سیم نیز همه را به ذکر «لاحول و لاقوه الا بالله» تحریض و تشویق می‌کند. 
لشکر عاشورا در کنار سایر یگانهای عمل کننده نیروی زمینی سپاه، در اولین شب عملیات بدر، موفق به شکستن خط دشمن می‌شود و روز بعد به تثبیت مواضع در ساحل رود می‌پردازد. 
در مرحله دوم عملیات، از سوی لشکر عاشورا حمله‌ای نفس‌گیر به واحدهایی از دشمن که عالم فشار برای جناح چپ بودند، آغاز می‌شود. حمله‌ای که قلع و قمع دشمن و گرفتن انتقام و قطع کامل دست دشمن از تعرض به نیروها در جناح چپ ثمره آن بود.

ویژگیهای اخلاقی 
شهید باکری، پاسدار نمونه، فرماندهی فداکار و ایثارگر، خدمتگزاری صادق، صمیمی، مخلص و عاشق حضرت امام خمینی(ره) و انقلاب اسلامی بود. با تمام وجود خود را پیرو خط امام می‌دانست و سعی می‌کرد زندگی‌اش را براساس رهنمودها و فرمایشات آن بزرگوار تنظیم نماید، با دقت به سخنان حضرت امام(ره) گوش می‌داد، آنها را می‌نوشت و در معرض دید خود قرار می‌داد و آنقدر به این امر حساسیت داشت که به خانواده‌اش سفارش کرده بود که سخنرانی آن حضرت را ضبط کنند و اگر موفق نشدند، متن صحبت را از طریق روزنامه بدست آورند. 
او معتقد بود سخنان امام الهام گرفته از آیات الهی است،‌باید جلو چشمان ما باشد تا همیشه آنها را ببینیم و از یاد نبریم. 
شهید باکری از انسانهای وارسته و خودساخته‌ای بود که با فراهم بودن زمینه‌های مساعد، به مظاهر مادی دنیا و لذایذ آن پشت پا زده بود. 
زندگی ساده و بی‌ریای او زبانزد همه آشنایان بود. با تواناییهایی که داشت می‌توانست مرفه‌ترین زندگی را داشته باشد؛ اما همواره مثل یک بسیجی زندگی می‌کرد. از امکاناتی که حق طبیعی‌اش نیز بود چشم می‌پوشید. تواضع و فروتنی‌اش باعث می‌شد که اغلب او را نشناسند. او محبوب دلها بود. همه دوستش می‌داشتند و از دل و جان گوش به فرمان او بودند. او نیز بسیجیان را دوست داشت و به آنها عشق می‌ورزید. می‌گفت: 
وقتی با بسیجیها راه می‌روم، حال و هوای دیگری پیدا می‌کنم، هرگاه خسته می‌شوم پیش بسیجیها می‌روم تا از آنها روحیه بگیرم و خستگی‌ام برطرف شود. 
همه ما در برابر جان این بسیجی‌ها مسئولیم، برای حفظ جان آنها اگر متحمل یک میلیون تومان هزینه – برای ساختن یک سنگر که حافظ جان آنها باشد – بشویم، یک موی بسیجی،‌ صد برابرش ارزش دارد. 
با دشمنان اسلام و انقلاب چون دژی پولادین و تسخیرناپذیر بود و با دوستان خدا، سیمایی جذاب و مهربان داشت. 
با وجود اندوه دائمش، همیشه خندان می‌نمود و بشاش. انسانی بود همیشه آماده به خدمت و پرتوان. 
حجت‌الاسلام والمسلمین شهید محلاتی در مورد شهید باکری اظهار می‌دارند: 
وی نمونه و مظهر غضب خدا در برابر دشمنان خدا و اسلام بود. خشم و خروشش فقط و فقط برای دشمنان بود و به عنوان فرمانده و باتقوا، الگوی رافت و محبت در برخورد با زیردستان بود. 
همسر شهید باکری در مورد اخلاق او در خانه می‌گوید: 
باوجود همه خستگی‌ها، بی‌خوابی‌ها و دویدن‌ها، همیشه با حالتی شاد بدون ابراز خستگی به خانه وارد می‌شد و اگر مقدور بود در کارهای خانه به من کمک می کرد؛ لباس می‌شست، ظرف می‌شست و خودش کارهای خودش را انجام می‌داد. 
اگر از مسلئله‌ای عصبانی و ناراحت بودم، با صبر و حوصله سعی می‌کرد با خونسردی و با دلایل مکتبی مرا قانع کند. 
دوستان و همسنگرانش نقل می‌کنند: 
به همان میزان که به انجا فرایض دینی مقید بود نسبت به مستحبات هم تقید داشت. نیمه‌های شب از خواب بیدار می‌شد، با خدای خود خلوت می کرد و نماز شب را با سوز و گداز و گریه می‌خواند. خواندن قرآن از کارهای واجب روزمره‌اش بود و دیگران را نیز به این کار سفارش می‌نمود. 
شهید باکری در حفظ بیت‌المال و اهیمت آن توجه زیادی داشت، حتی همسرش را از خوردن نان رزمندگان، برحذر می‌داشت و از نوشتن با خودکار بیت‌المال – حتی به اندازه چند کلمه – منع می‌کرد. وقتی همرزمانش او را به عنوان فرماندهی که مندرسترین لباس بسیجی را مدتهای طولانی استفاده می‌کرد مورد اعتراض قرار می‌دادند، می‌گفت: تا وقتی که می‌شود استفاده کرد، استفاده می‌کنم. 
همواره رسیدگی به خانواده شهدا را تاکید می‌کرد و اگر برایش مقدور بود به همراه مسئولین لشکر بعد از هر عملیات به منزلشان می‌رفت و از آنان دلجویی می‌کرد و در رفع مشکلات آنها اقدام می‌کرد. 
او می‌گفت: 
امروز در زمره خانواده شهدا قرار گرفتن جزو افتخارات است و این نوع زندگی از با فضیلت‌ترین زندگی‌هاست. 
 

نحوه شهادت 
بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلی‌بن موسی‌الرضا(ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهدت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی(ره) و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند. 
این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ 25/11/63، به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول، به خطرناکترین صحنه‌های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد، تلاش می‌نمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتکهای دشمن تثبیت نماید، که در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل گردید. 
هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آبهای هورالعظیم انتقال می‌دادند، قایق حامل پیکر وی، مورد هدف آرپی‌جی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست. 
او با حبی عمیق به اهل عصمت و طهارت(ع) و عشقی آتشین به اباعبدالله‌الحسین(ع) و کوله‌باری از تقوی و یک عمر مجاهدت فی سبیل‌الله، از همرزمانش سبقت گرفت و به دیار دوست شتافت و در جنات عدن الهی به نعمات بیکران و غیرقابل احصاء دست یافت. شهید باکری در مقابل نعمات الهی خود را شرمنده می‌دانست و تنها به لطف و کرم عمیم خداوند تبارک و تعالی امیدوار بود. در وصیتنامه‌اش اشاره کرده است که: چه کنم که تهیدستم، خدایا قبولم کن. 
شهید محلاتی از بین تمام خصلتهای والای شهید به معرف او اشاره می‌کند و در مراسم شهادت ایشان، راز و نیاز عاشقانه وی را با معبود بیان می‌کند و از زبان شهید می گوید: 
خدایا تو چقدر دوست‌داشتنی و پرستیدنی هستی، هیهات که نفهمیدم. خون باید می‌شدی و در رگهایم جریان می‌یافتی تا همه سلولهایم هم یارب یارب می‌گفت. 
این بیان عارفانه بیانگر روح بلند و سرشار از خلوص آن شهید والامقام است که تنها در سایه خودسازی و سیر و سلوک معنوی به آن دست یافته بود.