تاریخ ایران- سلسله سلجوقیان

خواجه نظام الملک، صرف نظر از آن که یک دانشمند، سیاست دان و سیاستمدار برجسته بود، از نظر مذهبی سخت به عقاید خود پای بند بود.وی مذهب تسنن را به دیده احترام می نگریست و به همین دلیل، با تشیع میانه ای نداشت.او در جای جای کتاب سیاست نامه بر شیعه تاخته و کوشیده است تا ریشه های تاریخی این مذهب را به خرم دینان و غالیان منحرف از اسلام برساند.وی سلطان را نیز از راه دادن شیعیان به امور اداری پرهیز داده و یکی از نگرانی های خود را نفوذ شیعیان در دستگاه حکومت عنوان کرده است.وی می نویسد:

و کسان هستند که امروز در این دولت، قربتی دارند و سر از گریبان شیعت بیرون کرده اند، از این قوم اند و در سر کار ایشان می سازند و قوت می دهند و دعوت می کنند و خداوند عالم [شاه ] را بر آن می دارند که خانه خلفای بنی عباس براندازد و اگر بنده نهبن [درپوش ] از سر آن دیگ بر دارد، بس رسوایی که از زیر آن بیرون می آید.

با این حال، خواجه به سادات ری و برخی از عالمان شیعه آن شهر، احترام فراوانی می گذاشت .او چنین می نمود که وقتی از شیعه سخن می گوید، مقصودش اسماعیلیه است که طی سالهای متمادی از سوی فاطمیان مصر به ایران آمده و مردم را بر ضد عباسیان بر می انگیختند.وی گاه به مجلس درس شیعیان امامی می رفت و زمانی نیز که در عراق بود، همراه ملکشاه به زیارت قبر امام کاظم علیه السلام در کاظمین، و امیر مؤمنان و امام حسین علیهما السلام در نجف و کربلا رفت.

در این باره که نظام الملک و ملکشاه با شیعیان برخورد تندی داشته اند یا نه، از همان آغاز اختلاف نظر بوده است.یک مخالف شیعه در قرن ششم نوشته است:

و باز چون عهد کریم ملکشاهی بود، نظام الملک از سر عقیدت اینها آگه بود.همه را خوار و مهین داشتی.و در ری، هر که دعوی دانشمندی از اینها کردی، چون حسکا بابویه، بو طالب بابویه، ابو المعالی امامتی، حیدر زیاتی مکی، علی عالم، بو تراب دوریستی، خواجه ابو المعالی نگارگر و جز اینها از رافضیان شتام، همه را بفرمود تا بر منبرها بردند.سرها برهنه کرده، بی حرمتی و استخفاف می کردند بر ایشان، و می گفتند: شما دشمنان دینید.سابقان اسلام را لعنت می کنید.و شعارتان، شعار ملحدان [اسماعیلی ها] است.ایمان بیاورید تا اگر خواستند و اگر نه، ایمان می آورند و از مقالت رفض، بیزار می شدند.

عالم شیعه ای از همان قرن ششم این اظهارات را درباره برخورد خواجه با عالمان شیعه نپذیرفته و در پاسخ نوشته است:

اما جواب آنچه حوالت کرده است به عهد سلطان ملکشاه، حوالتی است به دروغ که اداراتی و تسویغاتی عطایا و بخشش هایی که ایشان کرده اند، سادات شیعه را و خطوط و توقیعات ایشان بدان ناطق است، و هنوز دارند و می استانند، و احترام و توفیر و ترفیع سادات و علمای شیعه در آن عهد و دولت معلوم و مصور است...و هر یک از آن بزرگان را از سلاطین و وزراء، عطایا و حرمتی بوده است، و [شیعیان ] نه قومی بوده اند که خواجه ای چون نظام الملک، بر ایشان تطاول کند که ایشان را عطایای بسیار داده است و شفقتهای بی مر نموده .