مهدى خندان در چنين حال و هوايى بود كه به واحد عمليات سپاه منطقه 10 تهران در پادگان ولى عصر(عج) ملحق شد. اين واحد در آن ايام با تشكيل واحدهاى ضدتروريستى ويژه، موسوم به «گشت سيار ثارالله» و «گشت سيار القارعه» به مقابله با تحركات تروريستى گروهك منافقين و همگرايان چپ و ملى - مذهبى‏نماى آنان برخاست. «نصرت‏الله قريب»، از پاسداران گردان چهارم پادگان ولى‏عصر(عج) - معروف به گردان فتح - در تشريح دشوارى‏هاى فراروى واحدهاى ضدتروريستى سپاه تهران مى‏گويد: «... از دهه سوم خردادماه سال 1360 به بعد، تهران هر گوشه‏اش ناامن بود و غرق در آشوب و اغتشاش. بنى‏صدر و اعوان و انصار منافق، ملى و چپى او، تيغ‏شان را براى انقلاب از رو بسته بودند. دم به دقيقه از نقاط مختلف شهر به ما خبر مى‏رسيد فلان جا يك كاسب را ترور كرده‏اند، جاى ديگر با انفجار بمب آتش‏زا، مردم را داخل اتوبوس واحد زغال كرده‏اند، دختران ميليشيا با تيغ موكت بر، زن و دخترهاى حزب‏اللهى و چادرى را سلاخى كرده‏اند،به فلان بانك دستبرد زده‏اند، قصد دارند به مراكز حساس دولتى از قبيل مجلس، مخابرات و صدا و سيما حمله كند. خلاصه، اوضاع خيلى آشفته‏اى بود. مسؤوليت برقرارى و حفظ امنيت مركز سياسى كشور، عمدتاً به دوش سپاه تهران و مشخصاً واحد عمليات پادگان ولى‏عصر(عج) افتاده بود و ما نيروهاى اين پادگان، به علت محدوديت نيرو، كمبود شديد امكانات و وسعت فعاليت تروريست‏ها در «كلان شهر» تهران، حتى فرصت سر خاراندن هم نداشتيم.»
مهدى كه از حيث سازمانى، جمعى گردان هشتم - معروف به «گردان حديد» - سپاه منطقه 10 بود، در سركوبى ترويست‏هاى ضدخلقى و حفظ امنيت شهر تهران به صورت شبانه‏روزى فعاليت مى‏كرد و از همين طريق، توانست جوهره ناب سپاهى‏گرى خود را آشكار سازد. سوءقصد به جان نماينده امام در شوراى عالى دفاع و امام جمعه تهران حضرت آيت‏الله خامنه‏اى در ششم تيرماه 1360 و فاجعه انفجار بمب در دفتر مركزى حزب جمهورى اسلامى و شهادت مظلومانه رييس قوه قضاييه حضرت آيت‏الله دكتر محمد حسينى(معروف به بهشتى) و دهها تن از ياران وفادار امام و ملت در هفتم تير، به مانند تيرى زهرآگين بود كه بر قلب پاك و مالامال از عاطفه مهدى نشست. بهشتى براى مهدى، فراتر از يك عالم دينى و يا رجُل سياسى - فرهنگى بود؛ او سيدالشهداى انقلاب اسلامى را، بازوى قدرتمند امام و اميد بزرگ محرومان اين سرزمين تلقى مى‏كرد. با آن كه از فرداى پايان تحصيلات متوسطه، به واسطه عزيمت به جبهه و در پى آن عضويت رسمى در سپاه، ديگر در «حزب جمهورى اسلامى» حضور نداشت، ليكن همواره خودش را مديون آموزه‏هاى گران‏سنگ معرفتى و اخلاقى دبيركل شهيد حزب مى‏دانست. تيرماه خونين سال 1360، از تلخ‏ترين و اندوه بارترين مقاطع زندگى مهدى خندان محسوب مى‏شد. به گونه‏اى كه تا مدت‏ها بعد، حتى لبخند زدن را به كلى از ياد برده بود.