نحوه شهادت
قبل از عمليات والفجر مقدماتي قرار شد كه عده‌اي از مسئولين و فرماندهان نظامي جنگ، ديداري با حضرت امام خميني(ره) داشته باشند، اما شهيد بقايي گفته بود كه بايد براي شناسايي اين عمليات در منطقه بمانيم، به همين دليل او به همراه عده‌اي ديگر از جمله شهيد حسن باقري در منطقه عملياتي ماندند و صبح روز بعد به اتفاق ايشان و چند تن از فرماندهان ديگر با دو دستگاه جيپ جهت شناسايي منطقه به طرف محل مورد نظر حركت كردند.
شهيد بقايي در طي مسير مشغول تلاوت قرآن و حفظ سوره والفجر بود. او به كمك يكي از دوستانش اين سوره شريفه را از حفظ مي‌خواند. پس از رسيدن به مقصد، همگي از ماشين پياده شده و به طرف سنگر ديده‌باني حركت نمودند. ايشان در بين راه به برادران همراه مي‌گويد: آيا مي‌شود انسان به اين درجاتي كه خداوند در قرآن فرموده است، برسد كه:
«يا اَيتهاالنَّفس المُطمَئنَّه ارِجِعي الي ربِّكِ راضيَهً مرضيهً فَادخُلي في عِبادي وَادخُلي جَنَّتي»
و آيا خدا توفيق اين امر مهم را به انسان مي‌دهد كه به آن مرحله عالي نايل گردد؟
هنوز كلام مجيد به انتها نرسيده بود كه خمپاره دشمن به نزديكي آنان اصابت كرد و او جواب سئوال خود را با فوران خون مطهر و قطع پاهايش دريافت نمود و بدين سان عاشقانه و خالصانه به سوي پروردگار خويش پرواز كرد و به درجه قرب و رضوان الهي دست يافت.