هارون الرشيد (پنجمين خليفه عباسي) كه دشمني و ناسازگاري غير قابل انكاري با ذریه و فرزندان حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها و اولاد و احفاد اميرمومنان علیه السلام داشت، در آزار و شكنجه سادات علوي و منتسبين به خاندان امامت و ولايت، كوتاهي نمي كرد .وي كه از مستبدترين حاكمان عباسي و جنايت كارترين آن ها است، وجود شريف امام موسي كاظم علیه السلام و مقام و معنويت وي و احترام مردم نسبت به او را، تحمل نمي كرد و از اين بابت، بسيار نارحت و عصباني بود.

سرانجام در رمضان سال 179 قمري، كه براي مراسم عمره وارد مكه شد و سپس به مدينه رفته بود، در آن جا دستور داد امام موسي كاظم علیه السلام را دستگير كنند. مأموران هارون، امام موسي كاظم علیه السلام را در حالي كه در كنار قبر جدش حضرت محمد صلی الله علیه و آله، به نماز و نيايش اشتغال داشت، دستگير كردند و به نزد هارون بردند.

هارون دستور داد، وي را در غل و زنجير كرده و به سوي عراق حركت دهند. وي براي سردرگمي مردم و پيش گيري از عكس العمل هاي احتمالي مردمي، دو محمل ترتيب داد و يكي را به سوي بغداد و ديگري را به سوي بصره روان داشت.
امام موسي كاظم علیه السلام را در محمل بصره قرار داد. مأموران حكومتي، در هفتم ذي الحجه همان سال، امام موسي كاظم علیه السلام را تسليم عيسي بن جعفر بن منصور دوانقي، پسر عموي هارون الرشيد و حاكم وي در بصره نمودند.

عيسي بن جعفر، آن حضرت را در يكي از حجره هاي خانه خويش محبوس كرد و در آغاز به وي سخت گيري نمود ولي بعدها كه عبادت و نيايش هاي دراز مدت آن حضرت را از نزديك مشاهده كرد، از سخت گيري خويش نسبت به آن حضرت كاهيد و به هارون نامه نوشت كه آن حضرت را از حبس خانه وي خارج كند، در غير اين صورت، وي خودش آن حضرت را آزاد مي كند.
از دعاهای امام در گوشه ی زندان این دعا بود: «اللّهُمَّ اِنَّکَ تَعلَمُ اِنِّی کُنتُ اَسئَلُکَ اِن تُفرِغَنی لِعِبادَتِکَ اَللّهُمَّ وَ قَد فَعَلتُ فَلَکَ الحَمدُ؛ خداوندا! تو می دانی که من از تو تقاضا کرده بودم، مرا در گوشه ای خلوت قرار دهی تا مشغول عبادت باشم، تو تقاضای مرا برآوردی، تو را سپاس می گویم.»

هارون، به ناچار امام موسي كاظم علیه السلام را از حبس بصره خارج كرد و وي را به بغداد منتقل نمود و در خانه فضل بن ربيع، زنداني كرد.
در آن مدتي كه امام علیه السلام در نزد فضل بن ربيع زنداني بود، چند بار هارون از فضل بن ربيع درخواست كرد كه آن حضرت را به شهادت رساند، ولي وي امتناع كرد و از اين امر سر باز زد.

هارون، بار ديگر آن امام همام را از زندان فضل ربيع، به زندان فضل بن يحيي برمكي منتقل كرد و از وي درخواست نمود كه آن حضرت را به شهادت برساند. ولي فضل بن يحيي نيز امتناع نمود و در مقابل بر اعزاز و اكرام آن حضرت افزود. هارون كه از رفتار فضل بن يحيي به خشم آمده بود، دستور داد وي را دستگير و يك صد تازيانه بر بدنش بزنند و از تمام مناصب و مقامات بر كنارش كنند و امام موسي كاظم علیه السلام را به زندان "سندي بن شاهك" منتقل كرده و در آن جا وي را شكنجه و آزار نمايند.

در مورد امام آمده است: لا یَزالُ یَنتَقِلُ مِن سِجنٍ اِلَی سِجن؛ آن حضرت همواره از زندانی به زندان دیگر منتقل می شد. تا اینکه امام مظلوم به زندان مخوف و تاریک سِندی بن شاهک ملعون منتقل شده تحت شکنجه قرار گرفت.
سندي بن شاهك با قساوت قلب و سنگ دلي تمام، با آن حضرت رفتار مي كرد و پس از چندي شكنجه و آزار طاقت فرسا به دستور هارون الرشيد به آن حضرت، خرماي مسموم خورانيد(2) و وي را غريبانه و مظلومانه به شهادت رسانيد.

پس از شهادت امام كاظم علیه السلام، سندي بن شاهك در يك عمل فريب كارانه، فقها، قضات و بزرگان بغداد را حاضر ساخت و جسد مطهر امام علیه السلام را به آنان نشان داد و گفت: ببينيد كه وي بدون هيچ جراحت و زخمي و به اجل عادي از دنيا رفته است و كسي در رحلت وي، مقصر نبوده است. سپس جنازه مطهر امام علیه السلام را به مدت سه روز در جسر بغداد گذاشته و روي مباركش را گشوده و مردم را ندا مي كردند كه اين موسي بن جعفر علیه السلام است كه از دنيا رفته و بياييد وي را مشاهده كنيد. مردم دسته، دسته مي آمدند و آن حضرت را نگاه مي كردند. پس از آن، با همت والاي سليمان بن منصور، عموي هارون الرشيد، كه از اشراف و صاحب نفوذان عباسي بود، تشييع جنازه باشكوهي از جنازه امام موسي كاظم علیه السلام به عمل آمد و جنازه امام را به محل نگهبانان آوردند، مردم نیز اجتماع کردند و جنازه را با احترام تا قبرستان قریش تشییع نمودند در مقابر قريش، دربغداد به خاك سپرده شد.[الارشاد، ص 579؛ المستجاد، ص 189؛ منتهي الآمال، ج2، ص 212؛ تاريخ بغداد (خطيب بغدادي)، ج31، ص 29؛ وقايع الايام، ص 322 و (عيون اخبارالرضا علیه السلام )شيخ صدوق، ج2، ص 92].(3)

 درباره كيفيت شهادت امام سه روايت مختلف نقل شده است:

1)شهادت آن حضرت در پى مسموم كردن امام صورت گرفته است. اين در روايتى از امام رضا عليه السّلام آمده است. همينطور روايات ديگرى كه يحيى بن خالد را به قتل آن حضرت متهم مى‌كند، اين نكته آمده است.
2)در نقلى آمده است كه آن حضرت را در فرشى پيچانده و چنان فشار داده‌اند كه حضرت به شهادت رسيده است. [.مقاتل الطالبيين، ص 336].

3) روايت ديگر آن است كه مستوفى نقل كرده: شيعه گويند به فرمان هارون الرشيد سرب گداخته در حلق ایشان ريختند. [تاريخ گزيده، ص 204]
در اين باره روايتى كه بيش از همه شهرت دارد، مسموم ساختن امام است. پس از شهادت امام، جسد مبارك آن حضرت را به دو دليل در معرض ديد خواص اهل بغداد و عموم مردم قرار دادند: بنا به نوشته اربلى، سندى بن شاهك، فقها و وجوه اهل بغداد را كه هيثم بن عدى نيز در ميان آنها ديده مى‌شد، بر سر جسد مبارك امام آورد تا ببينند زخم و جراحت و يا آثار خفگى در بدن آن حضرت وجود ندارد و به مرگ طبيعى از دنيا رفته است. از آنجا كه برخى از شيعيان معتقد به مهدويت آن حضرت بودند و يا احتمال داشت اعتقاد به مهدويت او پيدا كنند، جسد امام را روى پل بغداد بر زمين نهادند و يحيى بن خالد دستور داد تا فرياد زنند: اين موسى بن جعفر است كه رافضه معتقدند او نمرده است. پس از آن مردم آمده و او را در حالى كه از دنيا رفته بود نگاه كردند. آنگاه جنازه را در «باب التين» بغداد در مقبره قريشى‌ها دفن كردند. [كشف الغمه ج 2، ص 234]

تاريخ شهادت امام بنا به نقل شيخ صدوق 25 رجب 183 بنا به نقل شيخ مفيد 24 رجب، و در نقل مستوفى، روز جمعه 14 صفر بوده است‌.