وی سیدی بسیار جلیل القدر، عظیم الشأن و بزرگوار بود. نخستین بار نام وی را علامه نسابه ابن طقطقی متوفای 709 هجری قمری ذکر نموده و از او تجلیل به عمل آورده است سیدیحیی در سال 375 هجری قمری در قم به دنیا آمد مادرش دخترعلی بن محمدبن عمیدقمی از سرشناسان و بزرگان قم بود. پدرش سیدی جلیل القدر و عظیم الشأن بود که پس از پدر نقابت و سرپرستی سادات قم به او محوّل شد.
حسن بن محمد بن حسن قمی مؤلف تاریخ قم درباره سیدابوالحسن موسی، جد امامزاده سیدیحیی می نویسد: او مردی بس فاضل، متواضع و متخلص و سهل الجانب بوده است در عنفوان جوانی و صغارت سن، نقابت سادات علویه به شهر قم و نواحی قم بدو مفروض بوده و قسمات و وظایف و رسوم و مرسومات و مشاهدات سادات آبه و قم و کاشان و خورزون مجموع بدست و اختیار و فرمان او بوده است.
امامزاده سیدیحیی (علیه السلام) با سیده حلیمه خاتون دختر أبی محمد حسن بن ابی عبدالله احمد دخترعموی خود ازدواج نمود و ثمره آن یک فرزند به نام عبدالله بود که به همین خاطر او مکنی به ابوعبدالله شده است. وفات سیدیحیی به سال 440 هجری قمری در قم اتفاق افتاده. از آنجایی که او در باغ اختصاصی خود در علی آباد از دنیا رفته از این رو در همانجا به خاک سپرده شده است.
 نسب شریف امامزاده سیدیحیی با هفت واسطه به امام جواد (علیه السلام) منتهی می شود که از قرار ذیل است:

سیدابوعبدالله یحیی بن ابی جعفر محمد بن أبی الحسن موسی بن أبی عبدالله احمد بن أبی علی محمد الاعرج بن أحمد أبی علی بن موسی المبرقع بن الامام محمدالتقی الجواد (علیه السلام).