او در تیر ماه سال 66 به فرماندهی «سپاه ششم امام صادق» منصوب شد که چند تیپ و لشکر، بسیج و سپاه خوزستان، لرستان و پدافند منطقه هور از «کوشک» تا «چزابه» را در اختیار داشت. روز چهارم تیر ماه سال 1367، متجاوزان بعثی، حمله‌ای گسترده و همه‌جانبه را برای بازپس‌گیری منطقه هور آغاز کردند. حاج علی در آن زمان، در قرارگاه خاتم4، در ضلع شمال شرقی جزیره مجنون شمالی مستقر شده بود. هیچ کس به درستی نمی‌داند که در این روز دردناک، چه بر سر سرداران «قرارگاه نصرت» آمد. شاهدان می‌گفتند که هلی‌کوپترهای عراقی در فاصله کمی از قرارگاه خاتم4 به زمین نشسته‌اند و حاج علی و همراهانش سراسیمه از قرارگاه خارج شده و در نیزارها پناه گرفتند. پس از آن، جستجوی دامنه‌داری برای یافتن حاج علی هاشمی آغاز شد اما به نتیجه ای نرسید. از طرف دیگر، بیم آن می‌رفت که افشای ناپدید شدن یک سردار عالی رتبه سپاه، جان او را که احتمالا به اسارت درآمده بود به خطر بیاندازد، به همین سبب تا سال‌ها پس از پایان جنگ، نام حاج علی هاشمی کمتر برده می‌شد و از سرنوشت احتمالی او با احتیاط فراوانی سخن به میان می‌آمد. سرانجام در روز 19 اردیبهشت سال 1389، اخبار سراسری سیما خبر کشف پیکر حاج علی هاشمی را اعلام کرد و مادر صبور او پس از 22 سال انتظار، بقایای پیکر فرزند خود را در آغوش کشید.

روایت برخی خاطرات پیرامون این سرلشکر شهید که فرمانده سپاه ششم امام صادق(ع) بود در «رازهای نهفته» به قلم «مهرنوش گرجی» نوشته شده است. در ادامه خاطره ‌ای از سردار قنبری هم‌رزم شهید می‌آید:

من از سال 62 و بعد از عملیات خیبر افتخار همکاری و همراهی با حاج علی هاشمی را در قرارگاه نصرت داشتم حاج علی مردی مهربان و رئوف بود تمام رزمندگانی که با ایشان رابطه نزدیکی داشتند اینرا می‌دانستند اما این اواخر دیگر نمی‌خندید می‌دانست که روزهای سختی در پیش است.

سعی داشت از شدن این فشار بر بچه‌ها بکاهد سعی داشت روحیه بچه‌ها را حفظ کند. دو روز قبل از حمله و تک عراق به جزایر بود و من و حاج علی در سنگر در حال برنامه‌ریزی برای مقابله با دشمن بودیم و صحبت کردیم و حاجی می‌دانست که عراق به زودی باز پس گیری جزایر حمله خواهد کرد. در میان بحث ناگهان سکوت کرد و بعد از کمی سکوت نگاهی به من انداخت و گفت: «آقای قنبری! خوابی دیدم که می‌خواهم آن را برایت تعریف کنم».

«در خواب دیدم که از یک بلندی که حالت هرم داشت بالا می‌رفتم امام بالای آن بلندی ایستاده بود و من دست شما را گرفته بودم و همراه خودم از پله‌ها بالا می‌بردم همینطور که داشتم به قله نزدیک می‌شدم و تو را به دنبال خودم می‌کشیدم در نزدیکی امام دست شما از دستم رها شد و متاسفانه افتادی. و نتوانستی به خدمت امام برسی اما من رفتم و خدمت امام مشرف شدم».

از آنجایی که می‌دانستم به احتمال زیاد به زودی عملیاتی رخ خواهد داد با خودم فکر کردم حتما لیاقت شهادت و پیوستن به شهدا نصیب من نخواهد شد اما حاج علی به این افتخار خواهد رسید در انتها همان شد که حاجی آرزویش بود.