وی در خانواده‌ای مذهبی و متوسط رشد کرد، همزمان با ورود به مدرسه، به آموزش قرائت قرآن کریم را آغاز کرد.
در دوره نوجوانی اوقات فراغت خود را در کارخانه «سنگ بری» می‌گذراند، تا به نوبه خود سهمی در تأمین معاش خانواده داشته باشد. وی در بهمن ماه سال 1357 در کمیته دفاع شهری اصفهان فعالیت خود را آغاز کرد.
چندی بعد به عنوان مربی تاکتیک و سلاح در سپاه پاسداران اصفهان مشغول به کار شد و با آغاز غائله کردستان، مسئولیت عملیات سپاه سنندج را بر عهده گرفت.
آقابابایی در سال 1362 به سمت فرماندهی عملیات ناحیه شمال غرب و کردستان منصوب شد و بعد از مدتی به علت توانائی و کاردانی‌اش فرماندهی تیپ 18 الغدیر را پذیرفت.
او در طول سالهای دفاع مقدس در عملیات‌های متعددی شرکت کرد و چندین مرتبه مجروح شد، اما عملیات کربلای5، برگ زرینی از رشادت‌های او در دوران دفاع مقدس بود.
بمباران شیمیایی دشمن بعثی در این عملیات، برای همیشه آن سردار رشید سپاه اسلام را به بستر بیماری انداخت.
جانباز سرافراز اکبر آقابابایی، سرانجام پس از سالها صبوری در تحمل درد و رنج حاصل از مجروحیت شیمیایی‌اش در سحرگاه پنجم شهریور ماه 1375 در حالی که فرازهایی از زیارت عاشورا را زمزمه می‌کرد، هنگام دمیدن سپیده سحر همراه قافله صبح به آسمان پر کشید و به فیض شهادت رسید.
برخی از مسؤولیت‌های شهید اکبر آقابابایی:- مربی تاکتیک و سلاح در سپاه پاسداران اصفهان
- فرمانده عملیات سپاه سنندج
- فرمانده عملیات ناحیه شمال غرب و کردستان
- فرمانده تیپ 18 الغدیر
حاج اکبر آقابابایی در زمان شهادت، فرمانده عملیات یکی از یگان‌های سپاه پاسداران بود که به سپاه قدس شهرت دارد.
بخشی از وصیت‌نامه سردار سرتیپ پاسدار شهید حاج اکبر آقابابائی:
الذین هاجروا و جاهدوا فینا لنهدینهم سبلنا
خداوند باریتعالی را شاکرم که این حقیر سراپا تقصیر را هدایت فرموده و در مسیر این راه حق و اسلام عزیز قرار داد که اگر هدایت و رحمت او نبود بنده ای ضعیف چون من به ورطة هلاکت می‌افتاد.
این وصیت را در حالی می نویسم که عازم ماموریتی هستم به منطقه ای که اسلام عزیز سالها د رغربت بسر برده است و برای رشد آن نیاز به جهاد و شهادت است از او که صاحب مرگ و حیات است خواستارم این حقیر گنهکار را به لطف و مرحمت خود بخشیده و شهادت که فخر اولیای الهی است را نصیبم گرداند. ( منظور سردار شهید کشور بوسنی می‌باشد)
اینجانب اکبر آقابابائی فرزند حسینعلی به خانواده و دوستان عزیزم سفارش می‌کنم دست از اسلام عزیز برنداشته و اسلام عزیز را که سالها در غربت بوده یاری کنند و از ولایت تا پای جان دفاع نمایند و بدانند که اسلام بدون ولایت یعنی اسلام بدون علی در هر زمان ، عزیزانم بدانید که دفــاع از ولایت فقیه و مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنه ای دفاع از علی (ع) و فرزندان اوست و این محقق نمی شود جز با تلاشی صادقانه در اجرای اوامر بر حق ایشان ، عزیزانـم بدانید که دشمنان قسم خورده انقلاب وقتی مایوس می شوند که بدانند شما مردانه در پشت سر رهبر و قائد خود ایستاده اید و از او پیروی می‌کنید.
عزیزانم بدانید دشمنان اسلام با بهره‌گیری از زر و زور در پی آنند که شما را از گذشته درخشان خود مایوس سازند و شما را به سمت دنیای پر از نیرنگ خود کشانده و از مسیر حق جدا سازند و بردة خود نمایند به همین جهت است که شما باید کاملا هوشیار باشید و فریب دنیای آنها را نخورید و بدانید که همه دنیا فانی است و آنچه باقی می ماند اعمال نیک و کارهای ثواب شماست.
مجاهدین و رزمندگان عزیز که سالهای جنگ را در رکاب رهبر و پیشوای خود حضرت امام خمینی کبیر مجاهدت نمودید ، بدانید که شیطان از هر سو در کمین است ، تا ما رامنحرف نماید، بنابراین مراقب باشید و جهاد در راه خداوند را در هر زمان و مکان فراموش نفرموده شهادت را در آغوش کشید و این انقلاب را به دست صاحب اصلی اش امام زمان (عج) بسپارید.
در پایان از همة عزیزان و از رهبر عزیزم طلب بخشش دارم، امیدوارم از خطاهای این حقیر درگذرید.
والسلام
اکبرآقابابایی
