با شیوع بیماری آنفلونزا در سال ۱۳۰۹ هجری قمری، شکوه‌السلطنه نیز به این بیماری مبتلا شد. پزشکان فرنگی مقیم تهران برای مداوای او فراخوانده شدند، اما شکوه السلطنه با استخاره مداوا توسط اطبای ایرانی را برگزید. او پس از سه ماه و با شدت گرفتن بیماری در سن پنجاه و پنج سالگی در تاریخ ۱۴ شوال ۱۳۰۹ در گذشت. جنازه شکوه‌السلطنه در سال ۱۳۲۳ هجری قمری به عتبات عالیات منتقل شد.