در مركز موزه سومین ضریح حرم مطهر امام رضا (ع) قرار دارد که چهار شمعدان در چهار ضلع فوقانی آن نصب شده است. در دوران های قدیم که برق نبوده است، برای روشنایی حرم از شمع بهره می‌برده‌اند و این دلیلی می‌شود برای به كار بردن شعمدان‌ها بر بالای ضریح مطهر.

قبل از این تاریخ، دو ضریح چوبی و ضریح مرصع بر روی مرقد مطهر نصب بوده است، اگر چه به نظر بیشتر مورخان، تاریخ نصب و نام بانی ضریح سوم نا مشخص است امّا به طور قطع و مسلم این ضریح در عهد فتحعلی شاه قاجار وجود داشته است. چنانکه برخی منابع به در مرصع نصب شده بر روی این ضریح که توسط فتحعلی شاه در تاریخ ۱۲۳۳ قمری اهدا شده اشاره دارند که در ضلع شرقی ضریح نصب بوده است. در حالی که به نوشته اعتماد‌السلطنه این ضریح فاقد کتیبه است. سومین ضریح در بهمن‌ماه سال ۱۳۳۸ شمسی تعویض شد.

در موزه آستان قدس از دست خط ائمه اطهار تا فرش هایی با قدمت ۲۵۰۰ سال به نمایش گذاشته شده