سرانجام این قاری بزرگ در روز 22 دسامبر 1978 مطابق با دوم دی ماه سال 1358 شمسی در شهر قاهره به سوی معبود شتافت. شیخ مصطفی اسماعیل در منزل خود به خاک سپرده شد و در همان مکانی که اقامت داشت مسجد بزرگی بنا شد و زیارتگاهی برای عاشقان و دوست داران مرحوم مصطفی اسماعیل از سراسر دنیا شد؛ فردی که با صوت و لحن دلنشین اش توانست بسیاری از غیر مسلمانان را به سوی دین مبین اسلام رهنمون کند، همان گونه که خود بارها گفته بود یک قاری قرآن، بزرگترین سفیر قرآن عزیز است، روحش شاد و روانش قرین رحمت باد.