این کلیسای کوچک مانند سایر کلیساها دارای طرحی چلیپایی است و محراب آن رو به خاور است. ورودی کلیسا درضلع باختری آن قرار دارد و شامل فضای ورودی با سقف شیب‌دار و درب ورودی است. پس از ورودی، پیش فضای هال قرار دارد که بالای آن برج ناقوس کلیسا با ارتفاع حدود یازده متر به چشم میخورد. هال شامل نمازخانه و محراب است و در دو طرف آن، دو فضای مستطیل شکل قرار دارد. فضای محراب به شکل نیم دایره است و بر فراز آن گنبدی قرار گرفته است. فضای نمازخانه دارای گنبد و فضاهای جانبی آن دارای پوشش تخت است. در نمای خارجی این کلیسا، ستون‌های تزیینی دیده می‌شود.نقشه معماری کلیسا چند ضلعی نامنظم است که با آجر قرمز لعابدار پوشیده شده و نمای جالبی پیدا کرده است. در نمای خارجی کلیسا هم ستون‌های تزیینی زیبایی به چشم میخورد و به دلیل همین شکل و شمایل خاص کلیسای کانتور در میان بناهای تاریخی قزوین جایگاهی متفاوت پیدا کرده است. دوگوشه طبقه اول برج ناقوس همچون نمازخانه دارای ستون نماهای بزرگی است ولی در طبقه دوم برچ چهار ستون در چهار گوشه آن با فاصله ای از دیوارها قرار داده شده است. به غیر از تورگیرهای نمازخانه برج ناقوس نیز دارای نورگیرهایی میباشد. حیاط کلیسا دارای آجرفرش است که در محوطه آن سنگ قبرهایی به چشم میخورد که یکی آز آنها متعلق به یک خلبان روسی است.
