کاروانسرای مظفری در حوالی آرامگاه کوروش قرار دارد. این بنا مشتمل بر حیاتی به مساحت ۲۰۸ مترمربع است که به شکل نامنظم از سنگ‌های سپید ربوده‌شده از کاخ‌های پاسارگاد بنا شده و نیز ایوانی به پهنای ۳۰٫۳ متر با جرزهای سنگی نامنظم و چهار گوش با اتاق‌های کوچک و بزرگ در پشت آن دارد. درب این سازه به سمت شرق است. سنگ‌های سازه با ملات گچ به هم وصل شده و در بعضی از نقاط این سازه ملات به کار برده نشده‌است. در زمان سامی قسمتی از این محل تعمیر شده و بدفتر فنی سامی اختصاص داده شده بود ولی امروزه متروک می‌باشد.این بنا مربوط به دوره آل مظفر است.
