با وقوع انقلاب اسلامی، این تیم دچار بحران نفرات گردید و بازیکنانش بکلی عوض شدند و تعداد بسیار اندکی از بازیکنان قدیمی باقی ماندند. لیکن برگزاری مسابقات جام شهید اسپندی درسال ۱۳۵۸ و دیگر مسابقات، باعث گردید تا بازیکنان مستعد و جوان کشور نگذارند این باشگاه بلند آوازه از رونق بیفتد.
باشگاه پرسپولیس در سال۱۳۶۵ تحت پوشش بنیاد مستضعفان و جانبازان قرارگرفت که نام آن به آزادی تغییر یافت لیکن پس از مدت زمان اندکی بنیاد از اداره این باشگاه خودداری کردو دراین زمان با توجه به موقعیت این باشگاه ، سازمان تربیت بدنی، خود اداره آن را عهده دار گردید و نامش را نیز به پیروزی تغییر دادند که تا کنون نیز با همین نام درمیادین ورزشی حضور می‌یابد.
باشگاه از سال ۱۳۷۰ با آغاز مجدد لیگ فوتبال ایران تحت عنوان لیگ آزادگان دور جدیدی از فعالیتهای خود را آغاز نمودند و پیوسته علیرغم تغییرات گسترده و متعدد درمدیریت باشگاه توانست موقعیت خود را به عنوان یکی از سه باشگاه برتر کشور و کسب مقامهای نخست، دوم و یا سوم حفظ کند.
