دهها کتاب و اثر گران بها از امام خمینى در مباحث اخلاقى ، عرفانى ، فقهى ، اصولى ، فلسفى ، سیاسى و اجتماعى بر جاى مانده که بسیارى از آن ها تاکنون منتشر شده است .
متاسفانه تعدادى از رساله ها و تالیفات نفیس امام در جا به جایى از منازل اجاره اى و در جریان چندین مرحله یورش ‍ مامورین ساواک به منزل و کتاب خانه ایشان مفقود گردیده است .
در این جا فهرست اسامى آثار و تالیفات امام را بر طبق تاریخ نگارش مرور مى کنیم :
۱ شرح دعاى سحر
۲ شرح حدیث راءس الجالوت
۳ حاشیه امام بر شرح حدیث راءس الجالوت
۴ حاشیه بر شرح فوائد الرضویه
۵ شرح حدیث جنود عقل و جهل
۶ مصباح الهدایة الى الخلافة و الولایة
۷ حاشیه بر شرح فصوص الحکم
۸ حاشیه بر مصباح الانس
۹ شرح چهل حدیث
۱۰ سرّ الصلوة (صلاة العارفین و معراج السالکین )
۱۱ آداب نماز؛ یا (آداب الصلوة )
۱۲ رساله لقاء الله
۱۳ حاشیه بر اسفار
۱۴ کشف الاسرار
۱۵ انوار الهدایة فى التعلیقة على الکفایة (۲ جلد)
۱۶ بدایع الدرر فى قاعدة نفى الضرر
۱۷ رسالة الاستصحاب
۱۸ رسالة فى التعادل و التراجیح
۱۹ رسالة الاجتهاد و التقلید
۲۰ مناهج الاصول الى علم الاصول (۲ جلد)
۲۱ رسالة فى الطلب و الاراده
۲۲ رسالة فى التقیه
۲۳ رسالة فى قاعدة من ملک
۲۴ رسالة فى تعیین الفجر فى اللیالى المقمرة
۲۵ کتاب الطهارة (۴ جلد)
۲۶ تعلیقة على العروة الوثقى
۲۷ المکاسب المحرمة (۲ جلد)
۲۸ تعلیقة على وسیلة النجاه
۲۹ رسالة نجاة العباد
۳۰ حاشیه بر رساله ارث
۳۱ تقریرات درس اصول آیت الله العظمى بروجردى
۳۲ توضیح المسائل (رساله علمیه )
۳۳ مناسک حج
۳۴ تحریر الوسیلة (۲ جلد)
۳۵ کتاب البیع (۵ جلد)
۳۶ تقریرات دروس امام خمینى
۳۷ کتاب الخلل فى الصلوة
۳۸ حکومت اسلامى یا ولایت فقیه
۳۹ جهاد اکبر یا مبارزه با نفس
۴۰ تفسیر سوره حمد
۴۱ استفتائات
۴۲ دیوان شعر
۴۳ نامه هاى عرفانى
۴۴ صحیفه نور
۴۵ وصیتنامه سیاسى الهى