به دنبال تلاش ها و پیگیری های مستمر جهت تربيت نيرو در حوزه اديان و مذاهب، در طول برنامه هاي آموزشي سرفصل رشته هاي اديان ابراهيمي، اديان شرقي، مذاهب اسلامي و فرق و تصوف در سال 1383 تدوين و به وزارت علوم پيشنهاد گرديد و در شوراي عالي گسترش وزارت علوم به تصويب رسيد.سپس در این مرکز در سال 1384 با عنوان مرکز آموزش عالی مطالعات و تحقیقات ادیان ومذاهب، اولين گروه دانشجويي مشغول به تحصيل شدند.
از آنجا که رشته هاي مورد مطالعه براي اولين بار در اين دانشگاه تدريس مي شد و با توجه به سوابق و تجربیاتی که اعضاء هيئت علمي این مرکز داشتند به این نتيجه رسیدند که سرفصل برخي رشته ها را بايستي خود تهيه و تدوين نمايند. از اين رو سرفصل شش رشته براي اولين بار در کشور توسط اعضاء هيئت علمي اين دانشگاه نگاشته شد و به تصويب رسيد.
در اوایل سال 1387 با موافقت قطعی وزیر علوم تحقیقات و فناوری، موسسه آموزش عالی ادیان و مذاهب به دانشگاه ادیان و مذاهب ارتقا یافت. این ارتقای رتبه به دلیل مطابقت كیفیت آموزشی دانشگاه با موازین قانونی، بدون گذراندن مرحله موافقت اصولی، مورد موافقت قطعی دكتر محمد مهدی زاهدی قرار گرفته است.
در بخشی از متن نامه وزیر علوم به حجت الاسلام و المسلمین نواب آمده است: "شورای گسترش آموزش عالی در جلسه مورخ 31/1/87 خود با ارتقاء موسسه آموزش عالی غیردولتی-غیرانتفاعی ادیان و مذاهب به دانشگاه غیردولتی-غیرانتفاعی ادیان و مذاهب موافقت قطعی به عمل آورد."
دانشگاه اديان و مذاهب يك مرکز آموزشی- پژوهشی بينالمللي است كه در زمينهي اديان و مذاهب در داخل و خارج از كشور فعاليت ميكند.
اين دانشگاه غيرانتفاعي ، غيرسياسي است که اهداف و وظايف ذيل را سرلوحه کار خود قرار داده است:
1. تربيت دانش اموختگان متخصص در زمينهي اديان و مذاهب.
2. انجام پژوهشهاي بنيادي ، كاربردي و تطبيقي در زمينهي اديان و مذاهب.
3. اطلاعرساني ، چاپ و نشر مجلات ، كتب و دايره المعارف در زمينهي اديان و مذاهب.
4. برقراري ارتباط متقابل با مراكز مشابه و دينپژوهان.
5. گفت و گو بين اديان و مذاهب و تلاش در جهت نزديك ساختن ديدگاهها.
6. معرفي منطقي و علمي اسلام ( با رويكرد شيعي ) در عين احترام به عقايد ، باورها و آيين ساير اديان و مذاهب.
جهت آشنایی بیشتر با اهداف و برنامه های دانشگاه قسمت هایی از مصاحبه ریاست دانشگاه، جناب حجه الاسلام و المسلمین سید ابوالحسن نواب، را از نظر می گذرانیم:
«...بعد از بررسی‌هایی كه وزارت علوم در مورد مؤسسه به عمل آورد، به این نتیجه رسید كه با توجه ظرفیت كتابخانه و تعداد اعضای هیئت علمی كه بزرگترین شاخص را در بین مراكز غیرانتفاعی دارد، این مؤسسه لیاقت دانشگاه شدن را دارد. در حقیقت یك قوه‌ای بوده كه به فعلیت رسیده است.
... به اذعان خود دست‌اندركاران آموزشی و پژوهشی از جمله آیت الله مصطفوی، رئیس وقت دانشكده الاهیات، بعد از بازدید از اینجا اظهار داشتند: "كاری كه در هشتاد سال نكرده‌ایم شما بعد از چهارسال انجام داده‌اید." ما در این مدت کوتاه هفتاد اثر پژوهشی چاپ كرده‌ایم، كدام مركز پژوهشی چنین خروجی و تولیدی داشته است؟
مورد دیگر تفاوت مقطع تحصیلی ما با مراكز دیگر است كه آنها بیشتر در مقطع كارشناسی فعالیت می‌كنند و ما در مقطع كارشناسی ارشد به بالا، آن‌هم در حد تحصیلات تكمیلی و تربیت استاد و پژوهش‌گر.
در امر آموزش هم 90% نیروهای ما طلبه و حداقل دارای سطح دو حوزه هستند كه تازه بعد از ده سال تحصیل و قبولی در پایه 9 به عنوان مبتدی پذیرفته می‌شوند.
نكته‌‌ای دیگر که اساسی است، تعداد بالای هیئت علمی دانشگاه است در مقابل درصد دانشجویانی كه داریم. ... درحالی كه وزارت علوم معتقد است دانشگاه ادیان بزرگترین شاخص عضو هیئت علمی در ایران را دارد. یعنی هیچ جای كشور مثل دانشگاه ما 250 دانشجو به همراه 50 نفر هیئت علمی ندارد. عضو هیئت علمی را همه به خاطر هزینه‌ی سنگینش از استخدام آن فرار می‌كنند.»
مصاحبه 27/6/1387
در حوزه آموزش این دانشگاه سه دانشکده تشکیل شده است:
1-دانشکده ادیان:
که دارای سه رشته ادیان ابراهیمی، ادیان غیر ابراهیمی و دین شناسی است.
2-دانشکده مذاهب اسلامی:
که دارای سه رشته مذاهب اسلامی(کلامی)، مذاهب فقهی و تصوف و عرفان اسلامی است.
3- داشکده شیعه شناسی :
که دارای سه رشته شیعه شناسی (گرایش کلام)،مطالعات تاریخ تشیع و فرق تشیع است.
روند تاسیس رشته در هر یک از موارد فوق به این گونه بوده است که پس از نیاز سنجی و پیشنهاد موضوع در جلسه هیئت امنای دانشگاه و موافقت هیئت امنا با اصل موضوع، سرفصل های هر رشته با در نظر گرفتن اهداف دانشگاه که در اساسنامه آن آمده است توسط متخصصانی از هر رشته تهیه و در کمیته های تخصصی مربوط مورد بررسی و سپس به وزارت علوم برای تصویب نهایی ارسال شده است.
