هر چند در طول چند سال گذشته از وضعیت تقریبا نابسامان مسجد مشیرالسلطنه حرف زده می شد و نشانه ها از مرمت سرپایی مسجد بخصوص مناره ساعت آن حرف می زدند، اما مرور زمان و باران و باد نمونه مرمت نادرست و شاید بتوان گفت اشتباه مناره ساعت را به مرور به رخ کشید، بگونه ای که مشخص شد برچسب آجر در اطراف ساعت چسبانده شده است.
شاید بدلیل همین بی توجهی ها نیز بوده که تا کنون حرف و حدیث ها از مرمتهایی که در طول سالهای گذشته برای این بنای تاریخی انجام شده، بیشتر به سمت مناره و ساعت مسجد است و نه بنای تاریخی آن.
سرانجام بعد از گذشت این مدت زمان، بنابر اعلام شهرداری منطقه 11 تهران، این بار مرمت مسجد و ساعت تاریخی مشیرالسلطنه در کنار یکدیگر آغاز می شوند و قرار است در چند مرحله مرمت آن انجام شود.
نصرالله آبادیان اعلام کرد: «فاز اول مرمت مسجد و ساعت تاریخی مشیرالسلطنه از ابنیه دوران قاجار تا یک ماه آینده از سوی اداره زیباسازی این منطقه آغاز و در مدت سه ماه انجام می شود. اولویت برنامه های اداره زیباسازی منطقه 11 حفظ و مرمت بافت تاریخی با رویکرد نگهداری از اماکن واجد ارزش است که بر همین اساس، فاز اول پروژه مرمت مسجد مشیر السلطنه از شهریور آغاز می شود.
به گفته او، در سال 98 طرح مرمت این مسجد تاریخی با مشارکت و بررسی استادان مجرب حوزه مرمت ابنیه تاریخی و اداره زیباسازی منطقه 11 تهیه شده که پس از بررسی های اولیه و تأیید نهایی اصلاح و مرمت جداره ها و تعمیر ساعت شهری مناره مسجد انجام می شود. مرمت جداره اصلی مسجد شامل سیمان کاری، آجرکاری و حذف زوائد بصری، مرمت کاشی سردر و پنجره ها و مرمت سقاخانه قدیمی جلو در و در ادامه تعمیر و راه اندازی ساعت شهری مناره مسجد انجام می شود.
آبادیان با اشاره به اینکه مرمت مسجد مشیرالسلطنه در ادامه مرمت های ابنیه و حفظ بافت تاریخی منطقه 11 است، تاکید کرد که «مرمت مسجد مشیرالسلطنه از اوایل شهریور آغاز می شود و پیش بینی ما برای پایان پروژه سه ماه خواهد بود.»
مسجد مشیرالسلطنه در سال 1321 هجری قمری توسط مشیرالسلطنه بنا شد که وزیر خزانه مظفرالدین شاه قاجار و بعدا نخست وزیر دوره محمدعلی شاه قاجار بود و نام او در زیر ساعت مسجد حک شد . این بنای تاریخی اکنون از اماکن تاریخی و اولین ساعت های شهری در پایتخت بوده و به همین واسطه نیز مسجد و مدرسه علمیه مشیرالسلطنه یا مسجدالاقصی به مسجد ساعت نیز معروف است.
