مدرسه فیضیه از مدارس مشهور حوزه علمیه در شهر قم که در کنار حرم حضرت معصومه (س) قرار دارد. قبل از توسعه حوزه علمیه قم و در بین دهه ۱۳۲۰ تا ۱۳۶۰ شمسی، این مدرسه کانون اجتماع طلاب و استادان حوزه قم به شمار می‌آمد.
مدرسه فیضیه از اهمیت ویژه‌ای در کشورمان برخوردار است. عالمان و مجتهدان بسیاری ساکن این مدرسه بوده و در آن تحصیل یا تدریس داشتند و به همین دلیل، مرتبا اعضای این مدرسه از سوی ماموران امنیتی نظام سلطنتی پهلوی مورد آزار و حمله قرار می‌گرفتند. سخنرانی معروف آیت‌الله خمینی در ۱۳ خرداد سال ۱۳۴۲ که منجر به قیام ۱۵ خرداد شد هم در همین مدرسه بود و بعد از پیروزی انقلاب اسلامی ایران نیز برخی از دیدارها و سخنرانی‌های ایشان در صحن این مدرسه برگزار می‌شد.
مدرسه فیضیه و مدرسه «دارالشفا» از جمله مدارس مهم علمی شهر قم هستند که در دوره صفویه تأسیس شدند. البته تأسیس مدرسه فیضیه، قبل از مدرسه دارالشفا بوده و به واسطه مجاورت با حرم حضرت معصومه، مزیت خاصی یافته است.
مدرسه فیضیه در شمال صحن عتیق آستانه حضرت معصومه قرار دارد و با توجه به کتیبه سردر ایوان جنوبی آن، به شاه طهماسب صفوی منسوب است. بنای فعلی مدرسه توسط فتحعلی‌شاه ساخته شد. در سال‌های دهه ۱۳۷۰ شمسی، زیرزمینی در وسط این مدرسه ساخته و کتابخانه آن نیز به صورت کلی تجدید بنا شد و توسعه یافت. این مدرسه به دلیل هم‌جواری با مسجد «اعظم» و مدرسه «دارالشفاء»، به نوعی کانون مرکزی حوزه علمیه قم به شمار می‌رود و بخشی از مهم‌ترین درس‌های حوزه قم و نیز اجتماعات حوزوی در این مدرسه برقرار می‌شود. سردر ورودی این مدرسه دارای طاقی جناغی شکل است. صحن اصلی آن با ابعاد ۵۰ در ۸۹ متر، دارای چهار ایوان در دو طبقه است. در هر دو طبقه ۴۰ حجره قرار دارد و سردر، ایوان‌ها و پیشانی حجره‌ها با کاشی‌های رنگی تزیین شده است.
بنابر نظر منابع معتبر تاریخی بنای اولیه مدرسه با نام مدرسه «آستانه» مربوط به قرن ششم هجری بوده و تا اواخر قرن یازدهم به همین نام مشهور بوده و در اسناد بازمانده از همان قرن ذکر شده است. سپس در دوره صفوی تجدید بنا و در همین دوران به نام فیضیه شناخته شد و در نیمه نخست قرن سیزدهم بنای مدرسه فیضیه جایگزین مدرسه آستانه شد. بنای فعلی مدرسه، مربوط به دوره فتحعلی شاه است که در سال ۱۱۷۱ بنیان شده و بنای سابق را خراب کرده و مدرسه را توسعه داد.
مدرسه یک بار توسط «حاجی علی محمد»، عموی «میرزا علی اکبر فیض» مؤلف تاریخ قم مرمت شد. بنا به نقل این مؤلف در زمان این تعمیر، حجره‌ها و صحن مدرسه ۱۲۳۸ یک طبقه بود و تنها در دو طرف هر یک از سه ایوان شرقی، غربی و شمالی، چهار حجره در طبقه دوم وجود داشت. پس از آن توسط «آیت الله میرزا محمد فیض» در طبقه دوم قسمت‌های شمالی و شرقی مدرسه حجره‌سازی شد و در سال ۱۲۶۲ آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائری حجره‌های دیگر قسمت‌ها را کامل کرد. در پشت ایوان غربی، شاه‌نشینِ پُر تزیینی قرار داشت که محل قرار گرفتن و جلوس پادشاهان قاجار بود.
در سال ۱۳۱۱ نخستین کتابخانه عمومی شهر توسط آیت الله حائری در این شاه‌نشین تأسیس شد. در سال ۱۳۲۹ آیت الله بروجردی در کمرگاه ایوان غربی یک طبق دوم ایجاد کرد که به مخزن کتابخانه اختصاص داده شد و دو سالن بزرگ مطالعه به جای آشپزخانه شاهی ایجاد شد. عکس زیر مربوط به حجره امام خمینی (ره) و اقامتگاه ایشان در این مدرسه است.
گفته شده نامگذاری این مدرسه به نام فیضیه به جهت این بوده که فیض کاشانی، از علمای بزرگ دوره صفویه و داماد ملاصدرای شیرازی، مدتی در این مدرسه تدریس می‌کرده و این مدرسه، محل تدریس یا اقامت دائمی وی در مدت اقامتش در شهر قم بوده است. به همین جهت، این مدرسه در بین مردم به نام مدرسه فیض معروف شد. برخی نیز معتقدند این نام از زمان تجدید بنای مدرسه در دوره قاجار و به پیشنهاد علمای این دوره رایج شد. این احتمال با توجه به اینکه خاندان فیض در دوره قاجار ریاست شرعی شهر قم را برعهده داشتند، برجسته‌تر می‌شود.
این اثر در تاریخ ۹ بهمن ۱۳۸۶ با شماره ثبت ۲۰۷۱۵ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. به واسطه اهمیت فراوان این بنا برای کشورمان، در مقطعی، تصویر مدرسه فیضیه روی پول رایج مملکت درج شد.
حمله به مدرسه فیضیه و سخنرانی امام خمینی در سال ۱۳۴۲
به دنبال اعتراض امام خمینی به تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی و نیز لوایح شش‌گانه و انقلاب سفید محمدرضا پهلوی و اعلام عزای عمومی در نوروز ۱۳۴۲، در روز دوم فروردین همان سال، همزمان با روز شهادت امام جعفر صادق (ع)، ماموران حکومت با همراهی عده‌ای اوباش به این مدرسه حمله و پس از مقاومت طلاب و روحانیون به آنان شلیک و شماری را شهید یا مجروح کردند. در این حمله، تعدادی از طلاب از بالای پشت بام مدرسه به پایین انداخته و کشته شدند.
در عصر عاشورای سال ۱۳۴۲، امام خمینی با حضور در مدرسه فیضیه، سخنرانی کوبنده ای داشت و در آن از رژیم پهلوی و نیز دولتمردان آمریکا و اسرائیل که نفوذ زیادی بر محمد رضا پهلوی داشتند، انتقاد شدیدی کرد. حضور مردم در سخنرانی به اندازهای بود که تمام صحن فیضیه و دارالشفاء، صحن حرم حضرت معصومه، میدان آستانه و اطراف مملو از جمعیت بود. در پی سخنرانی امام، در صبح ۱۵ خرداد سال ۱۳۴۲، ماموران پهلوی به خانه ایشان حمله و وی را دستگیر و به زندانی در تهران انتقال دادند. به دنبال این واقعه، قیام ۱۵ خرداد مردم قم شکل گرفت.
