مذهب مانوی مذهبی مبتنی بر عرفان و تهذیب نفس است[۱۱۵]. خود مانی که در میانرودان در میان فرقه‌های مندایی و گنوسی پرورش یافته بود به مذهب مغتسله باور داشت و غسل کردن و پاکی تن را برای عبادت اصل اول می‌دانست اما ناگهان این مذهب را ترک گفت و با بیان اینکه به پاکیزگی روان بیش از پاکیزگی تن نیاز است اصطلاح آب زنده را مطرح کرد که آبی مینوی و الهی بود و روح و روان را پاک می‌نمود[۱۱۶]. در نظر مانویان تطهیر تنها از راه معرفت و پاکدامنی و محبت امکانپذیر می‌شد. از دیگر نشان‌های عرفانی اصطلاح «زنده» می‌باشد که بیش از ادیان دیگر در مانوی گری کاربرد دارد. عارف و شناسا شدن مبین زنده بودن روح و نور دربند آدمی است و از این رو برای رهایی از ظلمت به دانش و معرفت نیاز مبرم وجود دارد. انسان ترکیب از جسم و روح است و روح انسان، در بند و اسارت جسم قرار دارد و با تقویت نور و بیدار نگهداشتن آن در زمان مرگ گوهر پاکیزه را می‌توان به عالم علوی و سرمین روشنایی رساند[۱۱۷]. عرفان مانوی دنیا را دیر مکافات و سرای بدی می‌پندارد و هرچه زودتر رخت بستن از جهان را آرزومند است. عرفان مانوی تاثیرات عمیقی بر عرفان اسلامی گذاشت[۱۱۸]. پرهیز از گوشت و لذات گمراه کننده جسمانی، بی علاقه بودن به کار و آبادسازی جهان، بی ارزشی جهان مادی، اسارت روح در جسم و جهان، پیوستن روح به عالم علوی از راه تهذیب نفس از تاثیرات ویژه آیین مانی بر عرفان اسلامی و تصوف دانسته شده‌اند. بسیاری از اعمال صوفیانه ریشه در آئین مانوی دارد[۱۱۹]. دلیل این ارتباط از دوران باستان به قرون اخیر از این است که در زمان گسترش عرفان اسلامی شمار زیادی از دانشمندان و کاتبان ایرانی یا حتی مانوی‌تبار بودند مانند روزبه پسر دادویه (ابن مقفع) و بسیاری از عرفای خراسان و ماوراءالنهر در محیطی رشد یافته بودند که بشدت تحت تاثیر مذهب مانوی بود[۱۲۰]. وجود گنوسیان در بابل و مانویان خوزستان و نیز قبطی‌ها و مصریان مسلمان شده که به نوعی همگی درگیر آرای مانویان در سرزمین‌های خود بودند عامل اصلی نفوذ صریح باورها و آداب مانوی به درون عرفان اسلامی شد[۱۲۱]. برخی از عرفای مسلمان به اتهام زندقه و مانویت تکفیر و کشته شدند مانند شهاب‌الدین_یحیی_سهروردی و حسین منصور حلاج. آثار روزبه پسر دادویه (ابن مقفع) نیز در این گذار بی سهم نبوده‌است[۱۲۲]. از مهمترین تاثیرات مانویت بر عرفان اسلامی می‌توان به مفاهیمی اشاره کرد که خاص مانوی‌گری بوده و در دین حجاز ارزش شمرده نمی‌شدند اما عارفان و صوفیان اسلامی بویژه عجم آن‌ها را به دامنه اعمال خود وارد نمودند مانند گرسنگی دادن به خود و روزه‌ها و نمازهای طولانی، پرهیز از کار و شغل و پیشه و مذموم دانستن کار دنیا که در سنت اسلامی پسندیده نیست[۱۲۳].. و نیز تجرد و دوری از ازدواج میان عرفای اسلامی درصورتی است که در دین مانوی ازدواج مذموم بوده و دین اسلام برعکس بکلی انسان‌ها را به ازدواج ترغیب می‌کند
