سیدعلی شاه رکن الدین از نوادگان حضرت امام موسی بن جعفر(علیه السلام) است که نسب شریفش با چهارده واسطه به آن حضرت منتهی می شود. در کُتب تاریخی دو شجره نامه برای آن جناب ذکر شده است، یکی شجره نامه ای است که با توجه به کتاب عمده المطالب فی انساب آل ابی طالب نوشته سیدجمال الدین احمد بن علی معاصر سیدسلطان علی رودبند ذکر شده بدین طریق(السید علی بن سیدبهاءالدین بن سید ابوالعلاء بن سیدعلی بن حمزه بن علی بن حمزه بن موسی الکاظم(علیه السلام)) و دیگری شجره نامه ای است که سید حسن شمس بنقل از کتاب تحفه(السلطانی) تالیف عبدالحسین جزایری ذکر می کند به این طریق (السید علی بن سیدبهاءالدین بن سید ابوالعلاء اسمه محمد بن سیداحمد بن سید اسدا... بن سید نجم الدین بن سید رسول بن سیدمحمود بن سید زکی بن سیدموسی بن سید شهاب الدین مفتی زمانه بن سید احمد معروف به سلطان الاولیاء بن حمزه بن موسی الکاظم(علیه السلام)). این سید بزرگوار بواسطه جور و ستم ظالمین مُدام در هجرت بوده است مدتی در فارس اقامت داشته بعد به لرستان رفته اند و از آنجا به دزفول وارد می شوند امیر تیمور گورکان در دزفول با او ملاقات داشته و بعض کرامات از او مشاهده نموده اند و بدین سبب ارادت خاصی به آن جناب داشته اند.