در دوره مملوک و عثمانی، سازه های تازه ای به مسجد الازهر نظیر مناره ها، مقبره ها، آب انبار ها و مدارس چسبیده به دیوار خارجی مسجد، افزوده شدند. در سال ۷۰۹ هجری، مدرسه مملوکی تایبرس در زیاده (فضای بیرونی) الازهر ساخته شد. این مدرسه دو ایوان داشت که یکی به شافعی ها و دیگری به مالکی ها اختصاص یافته بود. محراب آن به سبک هنر مملوک بحری از موزاییک های شیشه ای و مرمر های رنگین ساخته شده بود.

در سال ۷۴۰ هجری، مدرسه آق بقعه چسبیده به دیوار الازهر ساخته شد و از سال ۱۳۱۶ هجری، قرآن ها و نسخ خطی ارزشمند را در خود جای داد. مدرسه جوهر نیز که در سال ۸۴۴ هجری به مجموعه مسجد الازهر افزوده شد نخستین نمونه های حکاکی نقوش اسلیمی را بر گنبد سنگی، نمایان می سازد.

نمای داخلی مسجد الازهر

در قسمت غربی مسجد الازهر صحنی قرار دارد که ایوان هایی آن را در بر گرفته اند. این صحن در قرن ششم و در زمان حکومت خلیفه الحافظ ساخته شد. این صحن زیبا و ورودی آن در سال ۱۲۱۳ هجری به هنگام سرکوب دانشجویان مخالف به دستور بناپارت ویران شد و در سال ۱۳۱۲ مجددا بازسازی شد.

از آنجا که مسجد الازهر به تدریج به یکی از مراکز عمده معارف مذهبی تبدیل شد، همواره مورد توجه حاکمان زمان بوده و تغییرات فراوانی در آن صورت گرفته و از شکل اولیه و ساده خود دور شده است. حاکمان و امیران هر یک به فراخور سلیقه خود و نیاز زمان، بخشهایی را ویران کردند، سازه هایی را به آن افزودند و گاه، بخشی را از نو ساختند. لذا مسجد الازهر سبکی تلفیقی دارد و نمی توان آن را به دوره ای خاص نسبت داد.